综合miRNA序列分析揭示弥漫性大B细胞淋巴瘤患者生存差异
该数据集来自omicsdi.org,聚焦弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的miRNA表达谱。研究对92例DLBCL和15例良性中心母细胞新鲜冷冻样本进行miRNA测序,并利用140例DLBCL福尔马林固定石蜡包埋(FFPET)样本进行验证

基本信息
资源简介
综合miRNA序列分析揭示弥漫性大B细胞淋巴瘤患者生存差异
该数据集聚焦弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的miRNA表达谱研究,来源于omicsdi.org,归类于肿瘤/淋巴瘤方向,主题标签为基因组学。DLBCL是一种侵袭性疾病,30%至40%的患者对标准治疗无法达到完全缓解。为刻画DLBCL的miRNome(miRNA总体表达谱),研究对92例DLBCL和15例良性中心母细胞新鲜冷冻样本进行了miRNA测序,并进一步利用140例DLBCL福尔马林固定石蜡包埋(FFPET)样本开展验证。该数据集的核心价值在于将miRNA测序数据与DLBCL患者的生存差异分析相联系,为探索miRNA在DLBCL中的表达特征及其与临床结局的关系提供了数据基础。
【数据集背景】
弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)是一种侵袭性淋巴瘤,标准治疗后仍有30%至40%的患者无法获得完全缓解,提示该疾病在分子层面存在异质性,需要更深入的分子特征刻画来理解其生物学行为与预后差异。miRNA是一类能够减弱其mRNA靶标表达的RNA分子,在基因表达调控中发挥重要作用。该数据集正是围绕DLBCL的miRNA表达谱展开,试图通过系统性的miRNA测序来表征DLBCL的miRNome,并在此基础上考察患者之间的生存差异。
【数据内容】
该数据集的内容主体为DLBCL样本的miRNA测序数据。研究纳入的样本包括92例DLBCL新鲜冷冻样本和15例良性中心母细胞新鲜冷冻样本,用于miRNA表达谱的发现与刻画;此外还包括140例DLBCL的福尔马林固定石蜡包埋(FFPET)样本,用于验证。数据集英文名称体现了其研究主题,即“综合miRNA序列分析揭示弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的生存差异”。主题标签为基因组学,本站分类为肿瘤/淋巴瘤。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。样本类型包括新鲜冷冻样本与福尔马林固定石蜡包埋(FFPET)样本两类:新鲜冷冻样本涵盖92例DLBCL和15例良性中心母细胞,FFPET样本为140例DLBCL。研究采用miRNA测序技术获取表达谱数据。关于样本采集的具体时间、地点、机构、伦理审批及测序平台等细节,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于DLBCL相关的基础与转化研究场景,包括:刻画DLBCL的miRNA表达谱(miRNome);比较DLBCL样本与良性中心母细胞样本之间miRNA表达的差异;结合患者生存信息探索miRNA表达与生存差异之间的关联;以及利用FFPET样本开展表达谱验证研究。此外,也可为miRNA作为DLBCL潜在生物标志物或预后相关分子的研究提供数据支持。关于具体的分析流程与统计方法,源站未提供。
【使用方法】
该数据集可用于miRNA表达谱的发现与验证分析。典型使用方式包括:基于92例DLBCL与15例良性中心母细胞新鲜冷冻样本的测序数据进行差异表达分析,识别DLBCL中表达异常的miRNA;再利用140例DLBCL的FFPET样本测序数据进行验证;并结合患者的生存信息开展生存分析,考察miRNA表达水平与患者生存差异之间的关系。关于数据下载方式、文件格式、预处理步骤及分析工具等具体信息,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的一个特点是同时包含新鲜冷冻样本与FFPET样本,后者在临床存档样本中较为常见,可用于验证发现阶段的结果。样本构成上,发现阶段包含92例DLBCL与15例良性中心母细胞,验证阶段包含140例DLBCL。关于测序深度、数据质控指标、批次效应、样本临床注释完整度以及FFPET样本RNA质量等具体质量信息,源站未提供。使用时应关注发现集与验证集样本类型差异可能带来的技术影响,但相关具体评估信息源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、原始文献、作者信息以及数据使用许可与访问限制,源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
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使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001001025
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)是一种侵袭性疾病,30-40%的患者对标准治疗未能达到完全缓解。miRNA是一类能够减弱其mRNA靶标表达的RNA分子。为了刻画DLBCL的miRNome特征,我们对来自92例DLBCL和15例良性中心母细胞新鲜冷冻样本的miRNA进行了测序,并通过对140例DLBCL福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPET)样本进行验证。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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