弥漫性大B细胞淋巴瘤样本的Affymetrix SNP芯片数据

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-57277

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的发病机制目前仅部分明确。我们采用高分辨率单核苷酸多态性（SNP）芯片对148例DLBCL进行分析，以刻画基因组失衡特征。其中79例为生发中心B细胞样（GCB）型DLBCL，49例为活化B细胞样（ABC）亚型，20例为3型DLBCL。在整个队列中，共识别出24个复发性基因组获得区域和38个复发性基因组缺失区域，ABC-DLBCL每例中位失衡数为25个，GCB-DLBCL每例为19个。若干复发性拷贝数改变在GCB和ABC-DLBCL亚组中显示出不同的频率，包括HDAC7A的获得主要见于GCB-DLBCL（占38%的病例），而BACH2和CASP8AP2的缺失主要见于ABC-DLBCL（35%），提示这些实体具有不同的发病机制。将基因表达与拷贝数进行关联分析，在所有肿瘤中均显示出强烈的基因剂量效应，34%的探针组在受累区域表现出表达变化一致。分析中还发现了两个新的潜在抑癌基因CASP3和IL5RA，并分别在10例和16例候选病例中进行了测序。

然而，未发现突变，考虑到在缺失病例中这些基因表达降低，这提示可能存在单倍剂量不足效应。因此，本研究在大规模病例集合中描述了DLBCL亚型基因组畸变图谱的差异与相似性，证实了已知的靶点，同时也发现了可能具有致病意义的新拷贝数变化。Affymetrix SNP芯片按照制造商的指示，对从肿瘤样本的冷冻保存淋巴结活检组织中提取的DNA进行了检测。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。