Affymetrix NspI-250K平台肺癌组织与黏膜活检全基因组扫描
该数据集来自omicsdi.org，属于肿瘤/肺癌分类，基于Affymetrix 250K-NspI SNP芯片平台，对4例肺癌患者的配对正常淋巴结、肿瘤组织及相应黏膜活检样本进行全基因组扫描
基本信息
资源简介
Affymetrix NspI-250K平台肺癌组织与黏膜活检全基因组扫描
该数据集为一项基于Affymetrix NspI-250K芯片平台的全基因组扫描研究，聚焦于肺癌肿瘤组织与黏膜活检样本的基因组变异分析。研究纳入4例肺癌患者，采集其配对的正常淋巴结、肿瘤组织以及相应的黏膜活检样本，通过SNP芯片进行全基因组水平的检测，并基于LOH（杂合性缺失）分析识别频繁缺失的基因区域。该数据集属于肿瘤/肺癌分类，主题标签为Transcriptomics，来源于omicsdi.org，旨在为肺癌相关基因缺失研究提供芯片层面的原始数据支持。
【数据集背景】
肺癌的发生与发展涉及多种基因组水平的改变，其中染色体区域的缺失和杂合性缺失（LOH）是抑癌基因失活的重要机制之一。利用高密度SNP芯片对肿瘤及配对样本进行全基因组扫描，能够系统性地识别频繁缺失的基因组区域，进而定位可能参与肿瘤发生的关键基因。该数据集正是在这一研究背景下产生，采用Affymetrix 250K-NspI SNP芯片平台，对肺癌患者的肿瘤组织、正常淋巴结及黏膜活检样本进行对比分析，以期发现与肺癌相关的频繁缺失基因。
【数据内容】
该数据集包含对4例肺癌患者配对样本的全基因组扫描数据。样本类型包括正常淋巴结、肿瘤组织以及相应的黏膜活检标本。检测平台为Affymetrix 250K-NspI SNP芯片。数据分析过程中，依据制造商指南和标准化流程进行LOH判定，并在此基础上识别肿瘤和黏膜中频繁缺失的基因。数据集的主题标签为Transcriptomics，整体分类归属于肿瘤/肺癌。
【采集与来源】
样本来源于4例肺癌患者，采集了其正常淋巴结、肿瘤组织及相应的黏膜活检标本。DNA提取后，按照制造商说明在Affymetrix 250K-NspI SNP芯片上进行检测。数据来源站为omicsdi.org。源站描述中未提供具体的采集时间、地点、伦理审批信息及样本处理细节。
【适用场景】
该数据集适用于肺癌基因组变异研究，尤其是基于SNP芯片的LOH分析和频繁缺失基因的识别。可用于比较肿瘤组织与正常淋巴结、黏膜活检样本之间的基因组差异，探索与肺癌相关的缺失区域及候选基因。也可作为方法学参考，用于Affymetrix 250K-NspI平台的数据分析流程验证。此外，主题标签涉及Transcriptomics，可能对转录组相关研究具有间接参考价值。
【使用方法】
使用该数据集时，可依据Affymetrix 250K-NspI SNP芯片的标准分析流程进行数据处理，包括标准化、LOH判定及频繁缺失区域识别。分析应参照制造商提供的指南进行。由于数据集涉及配对样本，建议采用配对比较策略，以正常淋巴结或黏膜活检作为对照，识别肿瘤组织中的基因组缺失。具体的数据下载方式、文件格式及分析工具信息，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于Affymetrix 250K-NspI平台，样本量较小，仅包含4例肺癌患者。源站未提供关于数据质量评估、缺失率、重复性验证等具体指标。由于样本量有限，研究结果的普遍性可能受到限制。此外，源站未提供详细的临床信息、病理分型及随访数据，可能影响对结果的深入解读。数据分析和结论应结合具体研究目的谨慎使用。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用信息及许可条款。使用者在引用或使用该数据集时，应直接访问omicsdi.org查询相关说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-29365
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在Affymetrix 250K-NspI芯片平台上，对4名肺癌患者的匹配正常淋巴结、肿瘤及相应黏膜活检组织进行了细致分析。依据制造商的指南和标准化流程，通过LOH判定，识别出频繁缺失的区域基因。通过这种方法，我们在肿瘤和黏膜中鉴定出了频繁缺失的基因。按照制造商的指示，使用从肺癌及相应黏膜活检标本中提取的DNA，进行了Affymetrix 250K-NspI-SNP芯片检测。通过LOH分析，确定了频繁缺失的基因。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
