NSCLC细胞系Triple SILAC糖蛋白组学分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000079569

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

蛋白质糖基化在众多生物过程中发挥着基础性作用，而癌症中糖蛋白的异常表达使其成为有吸引力的生物标志物和治疗靶点。在本研究中，我们检测了来源于三种不同肺肿瘤发生状态的细胞系中差异表达的糖蛋白：永生化支气管上皮细胞（HBE）系、携带KRAS激活突变的非小细胞肺癌（NSCLC）细胞系以及携带EGFR激活缺失的NSCLC细胞系。KRAS和EGFR突变是NSCLC中两种常见、不同且不重叠的基因组改变。采用三重SILAC蛋白质组定量策略结合酰肼化学N-连接糖肽富集，我们在3个细胞系中鉴定出118个可定量的糖肽，来源于82种糖蛋白。蛋白质组分析显示，27个（24%）糖肽在两种NSCLC细胞系中过表达，其中6个糖肽仅在EGFR突变细胞中过表达，19个糖肽仅在KRAS突变细胞中过表达。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。