小鼠肺癌分离基质细胞与肿瘤上皮细胞的RNA-Seq转录组分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-59831

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们对来自 KrasG12D; p53-/- 小鼠肺癌模型和 WT 对照小鼠的单个基质细胞（巨噬细胞、单核细胞和中性粒细胞）及肿瘤上皮细胞的 mRNA 进行了测序，以比较肺癌基质和肿瘤细胞与 WT 肺中对应细胞的基因表达谱。该肿瘤通过尾静脉注射 HKP1 肺癌细胞系生成，该细胞系由 KrasG12D 激活和 p53 缺失驱动。在原位肺癌形成后第 20-25 天，根据其特异性表面标志物对细胞进行分选。检测肿瘤肺中单个基质细胞和肿瘤细胞相对于 WT 肺中对应细胞的 mRNA 水平。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。