过表达肺发育转录因子TTF1、NKX2-8和PAX9的人支气管上皮细胞转录谱分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-9212

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们研究了肺发育转录因子（TTF-1、NKX2-8和PAX9）的临床意义，这些因子是我们最近在肺癌中发现的通过14q13染色体基因扩增激活的协同致癌基因。利用人支气管上皮细胞的稳定转染子，我们确定了代表这三个基因各自定义的生物学通路激活状态的RNA表达谱（特征），并将其用于对包含91例早期肿瘤的非小细胞肺癌（NSCLC）临床数据集进行风险分层。TTF-1和NKX2-8通路的共同激活识别出一组生存期较差的患者，约占早期NSCLC患者的20%，而单个通路的激活并未显示出显著的预后价值。重要的是，与TTF-1和NKX2-8共同激活相关的不良预后在另外两个独立的临床数据集中得到了验证。此外，显示TTF-1和NKX2-8通路共同激活的肺癌细胞系对顺铂表现出耐药性，而顺铂是NSCLC治疗的标准疗法。

由于目前TTF-1和NKX2-8缺乏特异性抑制剂，我们探索了一种替代治疗策略。利用信号通路激活的特征，我们在TTF-1/NKX2-8共激活的队列中发现了特定致癌通路(Ras和Myc)的失调。体外实验证明，Ras通路特异性疗法能够抑制TTF-1/NKX-2激活细胞的肿瘤细胞生长，因此，表明调节Ras通路是针对具有特定肺发育通路共激活的高风险NSCLC患者进行靶向治疗的合理策略。实验总体设计：制备并分析了六组对照组和每种转录因子(TTF1、NKX2-8、PAX9)的六个重复样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。