原位小鼠肺癌模型与对照小鼠及培养A549细胞的转录谱分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MEXP-489

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

通过气管向Rag-2基因敲除小鼠的肺部注射1×10^6个GFP-A549细胞，建立了肺癌的原位模型。6周后，右肺中发展出原发性肿瘤。从原位模型中6周后在三只不同小鼠体内形成的肿瘤以及采用相同方法注射PBS的三只假对照小鼠的右肺中收集了RNA。同时，也从培养的A549细胞中收集了RNA。将RNA应用于Affymetrix定制蛋白酶微阵列（HuMu ProtIn芯片）。该定制芯片能够通过使用针对每个物种特异性的寡核苷酸来区分人类和小鼠基因。芯片包含了所有已知的人类和小鼠蛋白酶及其抑制剂。通过比较肿瘤与对照肺组织中存在的所有人类和小鼠基因，确定了基因表达的分布；同时，通过比较肿瘤与培养细胞中存在的所有人类和小鼠基因，也确定了基因表达的分布。在各组中差异表达的人类和小鼠基因被鉴定出来。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。