82例肺癌与2个细胞系的SNP数据
该数据集来自omicsdi.org，包含82例肺癌样本和2个细胞系的SNP图谱，使用Illumina HumanCNV370-Duo v1.0芯片分析，旨在检测肺癌中潜在的抑癌基因
基本信息
资源简介
82例肺癌与2个细胞系的SNP数据
该数据集收录了来自82例肺癌样本和2个细胞系的SNP图谱，研究目的为检测肺癌中潜在的抑癌基因。分析过程中，纯合缺失揭示出两个含有ARID结构域的可疑候选基因，随后研究者在整个样本系列中通过测序对这些候选基因进行了进一步表征。所有82例肺癌样本和2个细胞系均使用Illumina HumanCNV370-Duo v1.0芯片完成分析。数据集英文名称为“SNP data from 82 lung carcinomas and 2 cell lines.”，在站内归类于肿瘤/肺癌方向，来源站为omicsdi.org，主题标签为Transcriptomics。该数据集为肺癌抑癌基因的发现与验证提供了SNP层面的图谱资源。
【数据集背景】
肺癌是严重威胁人类健康的恶性肿瘤之一，其发生发展涉及多种遗传与表观遗传改变。在肿瘤基因组学研究中，识别被失活或缺失的抑癌基因是理解肺癌分子机制的重要途径。纯合缺失作为一种常见的基因组异常，可导致抑癌基因功能丧失，因此成为筛选候选抑癌基因的有效线索。该数据集正是在这一研究背景下产生，旨在通过对肺癌样本进行SNP图谱分析，发现潜在的抑癌基因，并进一步解析其分子特征。研究聚焦于含有ARID结构域的候选基因，这类结构域通常参与染色质重塑和转录调控，与肿瘤抑制功能密切相关。
【数据内容】
该数据集的核心内容为82例肺癌样本和2个细胞系的SNP图谱。分析平台为Illumina HumanCNV370-Duo v1.0芯片，该芯片可用于检测拷贝数变异和纯合缺失等基因组改变。研究通过SNP图谱分析识别出纯合缺失区域，并从中发现两个含有ARID结构域的可疑候选基因。随后，研究者利用测序技术在整个样本系列中对这两个候选基因进行了进一步表征。数据集的主题标签为Transcriptomics，在站内分类中归属于肿瘤/肺癌方向。除上述信息外，源站未提供关于样本具体亚型、临床信息、数据文件格式或数据量的更多细节。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。根据源站描述，82例肺癌样本和2个细胞系均使用Illumina HumanCNV370-Duo v1.0芯片进行分析。研究设计为通过SNP图谱检测肺癌中的潜在抑癌基因，并针对纯合缺失所揭示的候选基因开展后续测序验证。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、细胞系具体名称以及测序平台型号等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肺癌分子机制研究，尤其是抑癌基因的发现与验证工作。具体而言，可用于分析肺癌样本中的纯合缺失区域，识别含有ARID结构域的候选抑癌基因，并支持后续的测序数据整合与功能注释研究。此外，该数据集也可作为肺癌拷贝数变异和SNP图谱分析的参考资源，用于比较不同样本间的基因组改变模式。对于关注染色质重塑相关基因在肺癌中作用的研究者，该数据集提供了可用的SNP图谱基础。由于主题标签为Transcriptomics，该数据集也可能与转录组层面的分析形成互补，但源站未提供具体的转录组数据内容。
【使用方法】
使用者可依据SNP图谱数据，对82例肺癌样本和2个细胞系进行纯合缺失检测与拷贝数变异分析。分析流程可包括数据预处理、缺失区域识别、候选基因注释以及ARID结构域相关基因的筛选。对于发现的候选基因，可结合测序数据在整个样本系列中进行验证和表征。由于源站未提供具体的数据下载格式、处理流程或分析工具，使用者需根据Illumina HumanCNV370-Duo v1.0芯片的通用分析规范自行处理数据。源站未提供关于数据访问方式、文件组织或预处理步骤的详细说明。
【质量与限制】
该数据集基于Illumina HumanCNV370-Duo v1.0芯片产生，样本量为82例肺癌和2个细胞系。源站未提供关于数据质量评估、缺失率、重复性验证或批次效应控制的具体信息。由于样本量相对有限，且细胞系仅2例，研究结论的普适性可能受到一定限制。此外，源站未提供样本的临床病理特征、随访信息或人群背景，因此无法评估数据在特定亚组中的适用性。关于测序验证的覆盖度、深度及具体结果，源站亦未提供。使用者需注意这些限制，并在解释结果时保持谨慎。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式、许可协议或使用条款。使用者如需引用或使用该数据集，应直接访问omicsdi.org查询相关信息。源站未提供关于数据共享政策、商业使用限制或署名要求的说明。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-31483
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
对82例肺癌和2个细胞系进行SNP谱分析，以检测肺癌中潜在的肿瘤抑制因子。纯合缺失揭示了两个含有ARID结构域的有趣候选基因，随后在全系列中通过测序进行了进一步表征。使用Illumina HumanCNV370-Duo v1.0芯片对82例肺癌和2个细胞系进行了分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
