肺癌单细胞测序数据集

该数据集为肺癌单细胞测序数据,来源于omicsdi.org,包含5例解剖的肺部肿瘤样本。数据聚焦转录组学层面,可用于探索肺癌肿瘤微环境中的细胞异质性、肿瘤细胞亚群分类及潜在分子特征研究(来源 omicsdi.org)

omicsdi
浏览 13
基因组分类Transcriptomics
Single cell sequencing of lung carcinoma

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

肺癌单细胞测序数据集

Single cell sequencing of lung carcinoma 是一个面向肺癌研究领域的单细胞转录组数据集,收录于 omicsdi.org,并在本站归类于肿瘤 / 肺癌方向。该数据集的核心内容是对 5 例解剖的肺部肿瘤样本进行单细胞测序,主题标签为 Transcriptomics,说明其数据主体落在转录组学层面。借助单细胞分辨率,该数据集可用于观察肺癌组织内不同细胞的表达特征,进而服务于肿瘤微环境中的细胞异质性、肿瘤细胞亚群分类以及潜在分子特征等研究。整体而言,它提供了一个以少量肺癌肿瘤样本为基础的转录组学资源,适合作为肺癌单细胞层面探索性分析的起点。

【数据集背景】

肺癌是肿瘤研究中的重要对象,其组织内部往往包含多种细胞类型和状态,传统批量测序容易掩盖细胞间的差异。单细胞测序技术的出现,使研究者能够在单个细胞水平上解析肿瘤组织中的转录组信息。该数据集正是在这一背景下产生,聚焦于肺癌肿瘤样本的单细胞转录组学分析。其主题标签为 Transcriptomics,表明数据的主要观测层面是转录组,而非基因组、蛋白组或其他组学层面。数据集来源于 omicsdi.org,本站将其归入肿瘤 / 肺癌分类,便于在肿瘤相关数据资源中被检索和定位。

【数据内容】

该数据集的内容为 5 例解剖的肺部肿瘤样本的单细胞测序数据。源站描述明确指出“Single cell sequencing of 5 dissected lung tumors.”,即对 5 例经解剖获取的肺部肿瘤进行单细胞测序。数据聚焦转录组学层面,主题标签为 Transcriptomics。基于这些数据,可用于探索肺癌肿瘤微环境中的细胞异质性、肿瘤细胞亚群分类及潜在分子特征研究。除上述信息外,关于具体细胞数量、测序深度、基因覆盖度、样本分组、临床信息等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。源站描述仅说明是对 5 例解剖的肺部肿瘤样本进行单细胞测序,未提供样本采集地点、采集时间、患者背景、伦理审批信息、测序平台、建库方法或具体实验流程等细节。因此,关于采集与来源的更多技术性和规范性信息,源站未提供。

【适用场景】

根据其主题标签和源站描述,该数据集适用于转录组学层面的肺癌研究,尤其是与单细胞分辨率相关的探索性分析。潜在适用方向包括:探索肺癌肿瘤微环境中的细胞异质性、进行肿瘤细胞亚群分类、以及开展潜在分子特征研究。由于数据来自 5 例解剖的肺部肿瘤样本,它可用于以这些样本为基础的观察性分析或方法学探索。关于是否适用于临床诊断、预后预测、治疗响应评估或大规模队列比较等场景,源站未提供相应说明。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法,包括数据下载方式、文件格式、预处理流程、分析工具、标准化步骤或代码示例等。因此,关于如何使用该数据集,源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供该数据集的质量评估信息,例如测序质量指标、细胞过滤标准、批次效应评估、数据完整性或验证结果等。同时,关于样本量较小、样本代表性、是否存在技术偏倚等限制,源站亦未提供说明。该数据集仅明确包含 5 例解剖的肺部肿瘤样本,其余质量与限制相关信息源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或授权信息。因此,关于引用与许可的具体内容,源站未提供。

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

免费样本无法满足模型训练要求?千方提供经三甲医院脱敏、带病理回证与专家标注的商业级专病数据集。

使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-6149

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Single cell sequencing of 5 dissected lung tumors.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?

公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络,提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。