SCAPeSCLC：广泛期小细胞肺癌空间转录组与临床资源

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.21523665

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 182.5 MB。

数据说明

概述 广泛期小细胞肺癌（SCLC）通路富集空间肿瘤转录组图谱（SCAPeSCLC）数据集是一个协调统一的多层次转录组与临床资源，源自公开可获取的基因表达综合数据库（GEO）数据集GSE261345和GSE261348。该数据集将感兴趣区域（ROI）水平和患者水平的分子谱与标准化临床注释、生存结局、贝叶斯通路活性估计以及全面的生存分析输出整合到一个统一的分析框架中，用于广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC），涵盖治疗前空间转录组谱以及接受一线PD-L1抑制剂联合化疗免疫治疗患者的后续临床结局。源数据集及相关临床研究在本记录随附的元数据中引用。可重复的R工作流程 支持SCAPeSCLC分析框架的R脚本可在配套的SCAPeSCLC：可重复R工作流程代码库中获取，版本化发布存档于Zenodo。

该代码库提供的工作流程包括：患者层面通路活性的贝叶斯估计、基因和通路层面的Cox比例风险分析、模型假设检验，以及综合诊断图谱的自动化生成。来源队列 来源队列包括两项ES-SCLC一线化学免疫治疗临床试验：GSE261345代表CANTABRICO队列，包含26例接受度伐利尤单抗联合铂类-依托泊苷化疗的患者。GSE261348代表IMfirst队列，包含32例接受阿替利珠单抗联合铂类-依托泊苷化疗的患者。因此，这两个队列均代表接受基于PD-L1抑制剂的一线化学免疫治疗的患者。数据结构与临床终点 本数据集通过将源数据协调并重构为统一分析框架而构建。ROI层面和患者层面的基因表达

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。