RBM47表达降低通过增强Nrf2活性促进A549肺腺癌细胞肿瘤生长

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-61910

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们确定RNA结合基序蛋白47（RBM47）是转化生长因子（TGF）-β在经历上皮-间质转化（EMT）的乳腺上皮细胞（NMuMG细胞）中的靶基因。TGF-β抑制了NMuMG细胞和肺癌细胞系中RBM47的表达。RBM47的表达与肺癌、乳腺癌和胃癌患者的良好预后相关。RBM47抑制了细胞代谢相关基因的表达，这些基因是核因子E2相关因子2（Nrf2；也称为NFE2L2）的直接靶标。RBM47与KEAP1和Cullin3的mRNA结合，而敲低RBM47抑制了它们的蛋白质表达，导致Nrf2与目标基因组区域的结合增强。敲低RBM47还增强了由TGF-β诱导的一些Nrf2激活因子p21/CDKN1A和MafK的表达。在缺乏RBM47的情况下，肺癌细胞中的线粒体呼吸速率和侧群细胞均增加。我们的发现，连同通过敲低RBM47表达增强异种移植小鼠的肿瘤形成和转移，表明RBM47通过抑制Nrf2活性发挥肿瘤抑制作用。

在A549细胞中，通过RNA-seq评估了针对RBM47和TGF-beta的shRNA对基因表达的影响，并通过RIP-seq鉴定了与RBM47结合的RNA。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。