PXD012463:人类p53相互作用蛋白鉴定

该数据集来自ebi.ac.uk,属于肿瘤/肺癌分类,围绕人类p53相互作用蛋白的鉴定。研究将野生型和突变型p53转染至H1299细胞,对相关复合物进行亲和纯化,再通过串联质谱分析p53相互作用蛋白

pride
2019-01-29 更新
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蛋白质预测H1299P53
PXD012463: Human p53 interating protein ID

基本信息

模态
蛋白质
任务类型
预测
创建/更新时间
2019-01-29

资源简介

PXD012463:人类p53相互作用蛋白鉴定

PXD012463 是一个围绕人类 p53 相互作用蛋白鉴定而建立的数据集,来源站为 ebi.ac.uk,在本站归入肿瘤 / 肺癌分类。该数据集的核心研究对象是 p53 蛋白及其在细胞内的相互作用网络:研究将野生型和突变型 p53 转染至 H1299 细胞,对与之相关的复合物进行亲和纯化,随后通过串联质谱(ms/ms)分析 p53 相互作用蛋白。数据集的主题标签涵盖 H1299 细胞、p53,以及肺癌(DOID:1324)和人类(Homo sapiens,NEWT:9606)等注释信息。整体而言,该数据集为理解 p53 在肺癌细胞背景下的蛋白互作提供了质谱层面的实验数据基础。

【数据集背景】

p53 是肿瘤研究中受到广泛关注的蛋白,其野生型与突变型在功能上可能存在差异。该数据集以 H1299 细胞为实验体系,通过转染野生型和突变型 p53,并对其相关复合物进行亲和纯化,进而利用串联质谱鉴定相互作用蛋白。这一设计旨在从蛋白互作层面比较和分析 p53 相关复合物的组成。数据集在分类上属于肿瘤 / 肺癌,主题标签中包含肺癌(DOID:1324)与人类(NEWT:9606),说明其研究背景与人类肺癌细胞模型相关。关于更具体的疾病机制、突变位点或临床意义,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的内容围绕 p53 相互作用蛋白的鉴定展开。实验将野生型和突变型 p53 转染至 H1299 细胞,并对相关的蛋白复合物进行亲和纯化,随后通过 ms/ms 分析 p53 相互作用蛋白。因此,数据集所涉及的数据类型为基于质谱的相互作用蛋白鉴定结果。主题标签包括 H1299、P53、肺癌(DOID:1324)以及人类(NEWT:9606)。除上述信息外,源站未提供关于蛋白数量、肽段数量、质谱参数或具体鉴定列表的更多细节。

【采集与来源】

该数据集来源站为 ebi.ac.uk。根据源站描述,实验在 H1299 细胞中进行,分别转染野生型和突变型 p53,随后对相关复合物进行亲和纯化,并通过 ms/ms 分析 p53 相互作用蛋白。数据集的分类为肿瘤 / 肺癌,主题标签涉及 H1299、P53、肺癌和人类。关于样本制备、质谱仪器型号、实验重复次数、数据采集软件等具体信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与 p53 相互作用蛋白相关的研究场景,尤其是在人类肺癌细胞模型 H1299 中探讨野生型与突变型 p53 复合物组成差异的场景。由于主题标签包含肺癌(DOID:1324)和人类(NEWT:9606),其潜在应用方向包括肿瘤 / 肺癌相关的蛋白互作分析、p53 功能研究以及基于质谱的相互作用网络探索。关于该数据集是否适用于临床诊断、药物靶点筛选或预后评估等具体应用,源站未提供。

【使用方法】

该数据集来自 ebi.ac.uk,用户可通过该来源站获取。其内容基于 H1299 细胞中野生型和突变型 p53 的转染、亲和纯化以及 ms/ms 分析,因此在使用时可用于查看或分析 p53 相互作用蛋白的鉴定结果。关于具体的数据下载方式、文件格式、检索接口、分析流程或软件工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于亲和纯化与串联质谱分析,实验体系为 H1299 细胞,涉及野生型和突变型 p53 的转染。主题标签提供了 H1299、P53、肺癌(DOID:1324)和人类(NEWT:9606)等注释。关于数据质量指标、覆盖度、假阳性率、重复性、样本量或验证实验等信息,源站未提供。因此,在解释和使用该数据集时,应结合源站描述所限定的实验范围,避免超出其实际覆盖内容进行推断。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ebi.ac.uk,英文名称为 PXD012463: Human p53 interating protein ID。关于引用方式、许可协议、使用条款或版权信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD012463

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

野生型及突变型p53被转染至H1299细胞中,并对其相关复合物进行了亲和纯化。随后,通过质谱/质谱联用技术分析了与p53相互作用的蛋白质。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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