I/II期NSCLC预后数据集

该数据集来自omicsdi.org,收录84例完全切除、未接受辅助治疗的I/II期非小细胞肺癌(NSCLC)肿瘤样本,使用全基因组表达微阵列进行表达谱分析,旨在识别与无复发生存(RFS)相关的新分类,并评估其与RFS及临床病理参数的关联

omicsdi
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基因组预测Transcriptomics
Prognosis for Stage I/II NSCLC

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-11-02

资源简介

I/II期NSCLC预后数据集

Prognosis for Stage I/II NSCLC 是一个聚焦于早期非小细胞肺癌预后研究的转录组表达谱数据集,来源于 omicsdi.org,在分类上归属于肿瘤 / 肺癌方向,主题标签为 Transcriptomics。该数据集收录了 84 例完全切除、且术后未接受辅助治疗的 I/II 期非小细胞肺癌(NSCLC)肿瘤样本,采用全基因组表达微阵列技术进行表达谱分析。其核心研究目的是识别与无复发生存(RFS)相关的新分类,并评估这些分类与 RFS 及临床病理参数之间的关联;同时,研究还引入了一个包含 162 例肿瘤的外部队列用于结果验证。整体而言,该数据集为探索早期 NSCLC 的分子分型与复发风险之间的关系提供了表达层面的研究材料。

【数据集背景】

非小细胞肺癌是肺癌的主要组织学类型之一,I/II 期患者通常以完全切除为主要治疗手段,但即使经过根治性手术,部分患者仍面临复发风险。如何在这一群体中识别与复发相关的分子特征,是预后研究关注的问题。该数据集正是在这一背景下产生:研究纳入 84 例完全切除、未接受辅助治疗的 I/II 期 NSCLC 样本,通过全基因组表达微阵列进行表达谱刻画,以期发现与无复发生存相关的新分类,并考察这些分类与临床病理参数的联系。研究还设置了 162 例肿瘤构成的外部队列,用于对结果的验证。

【数据内容】

数据集的核心内容是 84 例 I/II 期 NSCLC 肿瘤样本的全基因组表达微阵列表达谱。围绕这些表达数据,研究关注两类信息:一是基于表达谱识别出的、与 RFS 相关的新分类;二是这些分类与 RFS 以及临床病理参数之间的关联评估。主题标签为 Transcriptomics,表明数据属于转录组学范畴。除上述内容外,样本的具体临床病理参数条目、微阵列平台型号、探针或基因层面的注释信息,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源站为 omicsdi.org。样本采集方面的关键信息是:纳入的 84 例均为完全切除、未接受辅助治疗的 I/II 期非小细胞肺癌肿瘤样本;此外,研究使用了一个包含 162 例肿瘤的外部队列进行验证。关于样本的具体收集时间、机构来源、伦理审批信息、微阵列实验的具体操作流程以及外部队列的出处,源站未提供。

【适用场景】

基于其内容,该数据集适用于以下研究方向:早期(I/II 期)NSCLC 的转录组表达谱分析;探索与无复发生存相关的分子分类;评估表达层面的分类与临床病理参数之间的关联;以及利用外部队列对预后相关发现进行验证性研究。主题标签为 Transcriptomics,也提示其可用于转录组学相关的方法学比较或标志物探索。需要说明的是,这些适用方向均围绕源站描述所提及的研究目的展开,具体分析场景的可行性仍需结合数据本身判断。

【使用方法】

源站描述表明该数据集基于全基因组表达微阵列产生,并配有外部验证队列,因此典型的使用方式包括:在 84 例样本的表达谱上开展分类识别或预后关联分析,再将结果置于 162 例肿瘤的外部队列中进行验证。关于数据的具体获取方式、文件格式、预处理步骤、归一化方法以及配套分析代码,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的一个特点是样本经过严格界定:完全切除、未接受辅助治疗的 I/II 期 NSCLC,这有助于减少治疗相关混杂,但也意味着结论主要适用于这一特定人群。研究设置了 162 例肿瘤的外部队列用于验证,在一定程度上支持结果的稳健性评估。限制方面,样本量为 84 例,属于中等规模;关于数据缺失情况、批次效应、平台间可比性以及临床随访的完整程度,源站未提供,使用时应予以关注。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、原始文献出处、许可协议及使用条款,源站未提供。

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源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-1790

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对84例完全切除、未接受辅助治疗的I/II期非小细胞肺癌(NSCLC)患者,采用全基因组表达微阵列进行分析,以识别与无复发生存期(RFS)相关的新分类。评估了其与无复发生存期(RFS)及临床病理参数的相关性。使用一个包含162例肿瘤的外部队列对结果进行验证。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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