PRJNA1441587：使用SEPARATE-Seq对患者相关原位肺癌模型进行多组学免疫分析 [MERSCOPE]
该数据集来自NCBI BioProject（ID 1441587），标题为使用SEPARATE-Seq对患者相关原位肺癌模型进行多组学免疫分析，平台标注为MERSCOPE
![PRJNA1441587: Multiomics immune profiling of a patient-relevant orthotopic lung cancer model using SEPARATE-Seq [MERSCOPE]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/84957.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1441587：使用SEPARATE-Seq对患者相关原位肺癌模型进行多组学免疫分析 [MERSCOPE]
该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，编号 1441587，英文名称为 PRJNA1441587: Multiomics immune profiling of a patient-relevant orthotopic lung cancer model using SEPARATE-Seq [MERSCOPE]。从标题可以看出，该项目围绕患者相关的原位肺癌模型，采用 SEPARATE-Seq 方法开展多组学免疫分析，并在平台标注中指明使用 MERSCOPE。项目归属于肿瘤 / 肺癌分类，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为 Other。BioProject 作为生物数据的集合记录，旨在将同一项研究计划下产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找和访问。该数据集因此可被视作一个入口，用于定位与上述肺癌模型多组学免疫分析相关的数据资源。
【数据集背景】
BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级记录，用于汇集与单一研究计划相关的生物数据。该记录通常来自一个机构或一个联合体，并为用户提供一个统一的位置，以查找该项目所产生的不同类型的数据。本数据集对应的项目聚焦于患者相关的原位肺癌模型，研究主题涉及多组学免疫分析，所采用的技术路线在标题中体现为 SEPARATE-Seq，平台标注为 MERSCOPE。项目分类归入肿瘤 / 肺癌，主题标签为 Other。上述信息构成了该数据集的基本背景，说明其属于肺癌免疫研究领域的一项生物数据集合。
【数据内容】
根据标题，该项目的内容为使用 SEPARATE-Seq 对患者相关原位肺癌模型进行多组学免疫分析，平台标注为 MERSCOPE。BioProject 记录本身提供的是指向该项目所生成的不同数据类型的链接入口，而非单一类型的数据文件。因此，该数据集涵盖的数据类型应理解为与该项目相关的多种组学数据集合，具体包含哪些数据文件、样本数量、检测指标、分析结果等，源站未提供。主题标签为 Other，未给出更细分的主题类别。除标题和平台标注外，关于数据内容的具体构成，源站未提供进一步说明。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录类型为 BioProject，项目编号为 1441587。源站标题显示为“Multiomics immune profiling of a patient-relevant ... (ID 1441587) - BioProject - NCBI”。BioProject 记录通常来自单一机构或联合体，用于汇集与一个研究计划相关的生物数据。关于该项目的具体提交机构、研究团队、样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及实验流程细节，源站未提供。该数据集在本站分类为肿瘤 / 肺癌，主题标签为 Other。
【适用场景】
该数据集适用于与肺癌免疫学、多组学分析以及患者相关原位肺癌模型相关的研究场景。由于标题明确涉及多组学免疫分析和 SEPARATE-Seq 方法，并在平台标注中指明 MERSCOPE，潜在用户可将其用于查找该研究计划下的相关数据资源，进而支持免疫微环境分析、肺癌模型研究或多组学数据整合等方向。BioProject 作为项目级入口，适合需要定位某一研究计划所产生多种数据类型的用户。关于该数据集在具体分析流程、疾病分型、治疗响应预测等方面的适用性，源站未提供明确说明。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录访问该数据集，项目编号为 1441587。BioProject 记录提供用户一个单一位置，用于查找与该项目相关的不同数据类型。因此，使用方法应理解为通过该记录获取指向相关数据的链接，并根据实际需要下载或浏览相应数据。关于数据的具体下载格式、文件组织方式、是否需要专用软件处理、是否提供原始数据或处理后数据等操作细节，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于项目级记录。BioProject 记录本身是对生物数据的集合性描述，提供指向不同数据类型的链接，而非对数据质量进行评价或保证。关于该项目的样本质量、测序深度、数据完整性、批次效应、技术重复情况等质量指标，源站未提供。该数据集的主题标签为 Other，未给出更具体的主题分类。其分类为肿瘤 / 肺癌，但关于该分类所依据的标准或范围，源站未提供。使用者在利用该数据集时，应结合原始数据记录自行评估适用性。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录类型为 BioProject，编号为 1441587。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、是否允许再分发或商业使用等信息，源站未提供。用户在引用或使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 记录页面及相关数据提交方所附的说明。由于源站未提供具体的引用格式和许可条款，建议用户直接访问该 BioProject 记录以获取最新信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1441587
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
相关的临床前模型对于推动癌症治疗研究的进展至关重要。在此，我们利用一种可注射的原位肺腺癌（LUAD）模型（ORTHO）开发了一个临床前研究框架，该模型能够重现人类LUAD患者的关键特征，并可像患者样本一样，被解剖为肿瘤组织和邻近非肿瘤组织。我们还提出了SEPARATE-Seq技术，该技术能够结合scRNA-Seq对血管内和組織内免疫细胞进行分区分析。通过将SEPARATE-Seq和空间转录组学应用于我们的可解剖ORTHO模型，我们证实该模型重现了人类LUAD患者的关键免疫特征。与这些患者相似，我们观察到了NK细胞功能障碍和中性粒细胞二态性，并揭示这些现象是由其血管内/组织内或肿瘤/邻近位置所驱动的，突显了进行这些空间区分的必要性。此外，我们揭示了几种免疫细胞群局限于肿瘤内特定的局部微环境中，包括沿肿瘤边缘排列的一圈脂质相关TAMs以及干扰素刺激细胞枢纽。
总体而言，我们的资源可通过一个交互式工具获取，为可重复的临床前LUAD小鼠模型提供了全面的多组学免疫特征描述。总体设计：使用基于MERFISH的Vizgen MERSCOPE空间分析平台，对ITI接种的LLC-Thy1.1 P2肺（n=2）切片进行了分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
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