YTHDF1作为非经典核检查点偶联R环稳态与肿瘤先天免疫抑制及适应性免疫抵抗（R环CUT&Tag）
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1425514），主题为 YTHDF1 作为非经典核检查点，偶联 R-loop 稳态与先天免疫抑制及适应性免疫抵抗，采用 R-loop CUT&Tag 技术
基本信息
资源简介
YTHDF1作为非经典核检查点偶联R环稳态与肿瘤先天免疫抑制及适应性免疫抵抗（R环CUT&Tag）
该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，编号 1425514，英文名称为“YTHDF1 functions as a non-canonical nuclear checkpoint that couples R-loop homeostasis to innate immune restraint and adaptive immune resistance in cancer（R-loop CUT&Tag）”。其主题聚焦 YTHDF1 作为非经典核检查点，将 R-loop 稳态与肿瘤先天免疫抑制及适应性免疫抵抗相偶联，并采用 R-loop CUT&Tag 技术开展研究。本站将其归入肿瘤／肺癌分类，主题标签为表观基因组学（Epigenomics）。该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，属于 BioProject 类型的生物数据集合，旨在为围绕单一研究计划所产生的多种数据类型提供统一入口与关联链接。
【数据集背景】
该数据集所对应的研究计划，核心科学问题围绕 YTHDF1 在细胞核内的非经典功能展开。项目名称明确指出，YTHDF1 可作为核检查点，将 R-loop 稳态与先天免疫抑制以及适应性免疫抵抗联系起来，研究背景位于肿瘤免疫与表观基因组学的交叉领域。本站分类将其归入肿瘤／肺癌方向，主题标签为表观基因组学，说明该计划产生的数据与染色质层面的事件及基因表达调控相关。R-loop 是由 RNA 与 DNA 杂交形成的三链结构，其稳态失衡与基因组不稳定性及免疫应答激活相关；CUT&Tag 则是一种用于在染色质上定位特定蛋白或核酸结构的技术。该计划将 R-loop CUT&Tag 作为技术手段，用于在肿瘤背景下考察 YTHDF1 与 R-loop 稳态之间的关联。
【数据内容】
该数据集为 BioProject 记录，其内容指向围绕上述研究计划所生成的多种数据类型。项目名称中标注了“R-loop CUT&Tag”，表明该计划包含以 R-loop 为目标的 CUT&Tag 实验数据。BioProject 作为生物数据集合，提供用户查找该项目所产生各类数据的统一入口与链接。除项目名称、编号、主题标签及技术标注外，源站未提供更细化的数据内容描述，例如具体样本数量、测序平台、数据文件格式或数据量等信息，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录类型为 BioProject，编号 1425514。BioProject 记录来自单一研究计划，通常由单一组织或联盟发起，并为用户提供查找该项目所生成多种数据类型的统一入口。该数据集在本站被归入肿瘤／肺癌分类，主题标签为表观基因组学。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息及具体实验流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于围绕 YTHDF1 核内功能、R-loop 稳态、先天免疫抑制与适应性免疫抵抗之间关系的研究场景，尤其适合在肿瘤／肺癌背景下考察表观基因组学层面的调控机制。由于项目采用 R-loop CUT&Tag 技术，该数据可用于分析与 R-loop 相关的染色质定位研究。对于希望获取该研究计划所产生多种数据类型链接的用户，BioProject 记录可作为统一入口。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供，用户可通过 BioProject 编号 1425514 在 ncbi.nlm.nih.gov 上查找该项目所关联的多种数据类型。BioProject 记录的设计目的，是为用户提供一个统一位置，以发现该计划所产生的不同数据类型的链接。关于数据下载方式、分析流程、软件参数或具体操作步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 记录，其作用在于汇集并链接单一研究计划所产生的多种数据类型。源站描述仅说明 BioProject 的一般性质，未提供该具体项目的质量控制指标、数据完整性评估、覆盖度或批次效应等信息。关于该数据集的样本量、测序深度、数据量及潜在偏差，源站未提供。因此，使用者在依赖该数据集开展分析前，应自行查阅源站记录及其关联数据，以评估其适用性与质量。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录类型为 BioProject，编号 1425514。关于该数据集的引用格式、许可条款或使用限制，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1425514
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
癌细胞内的先天免疫信号在塑造抗肿瘤免疫中发挥重要作用，然而限制不适当免疫激活的核内机制仍未完全明确。YTHDF1是一种mRNA结合蛋白，此前被鉴定为细胞质m⁶A阅读蛋白。新出现的证据表明，YTHDF1也在细胞核中发挥作用，与染色质结合并参与R环稳态的调控。YTHDF1缺失会导致R环积累、基因组不稳定性、胞质DNA释放以及cGAS–STING–I型干扰素通路的激活。在机制上，YTHDF1在免疫相关基因组区域与染色质重塑因子ARID1A相互作用，提示二者在维持基因组稳定性和调控免疫相关转录程序中具有协同作用。为研究YTHDF1和ARID1A扰动对转录组和染色质水平的影响，我们在A549人肺癌细胞中生成了RNA测序（RNA-seq）和R环CUT&Tag数据集。
RNA-seq在两种实验设置下进行：(1) 野生型(WT)和YTHDF1敲除(YTHDF1-KO)细胞；(2) WT、YTHDF1-KO、ARID1A敲低(siARID1A)以及YTHDF1-KO联合ARID1A敲低的细胞。同时，在相同的各条件下进行了R-loop CUT&Tag分析，以评估全基因组R-loop分布。这些数据集为研究YTHDF1和ARID1A在调控R-loop动态及肿瘤内在先天免疫信号中的作用提供了整合的转录组和染色质分析资源。总体设计：采用R-loop CUT&Tag对A549细胞进行全基因组R-loop分布分析。使用特异性识别RNA-DNA杂交体的S9.6抗体检测R-loop。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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