YTHDF1作为非经典核检查点偶联R环稳态与肿瘤先天免疫抑制及适应性免疫抵抗（CUT&Tag）

该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1425513），主题为 YTHDF1 作为非经典核检查点，将 R-loop 稳态与先天免疫抑制及适应性免疫抵抗相偶联，采用 CUT&Tag 技术

sra

基因组分类Epigenomics

PRJNA1425513: YTHDF1 functions as a non-canonical nuclear checkpoint that couples R-loop homeostasis to innate immune restraint and adaptive immune resistance in cancer（CUT&Tag）

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

YTHDF1作为非经典核检查点偶联R环稳态与肿瘤先天免疫抑制及适应性免疫抵抗（CUT&Tag）

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目（ID 1425513），英文名称为“PRJNA1425513: YTHDF1 functions as a non-canonical nuclear checkpoint that couples R-loop homeostasis to innate immune restraint and adaptive immune resistance in cancer（CUT&Tag）”。其研究主题聚焦于 YTHDF1 作为一种非经典核检查点，将 R-loop 稳态与先天免疫抑制及适应性免疫抵抗相偶联，实验采用 CUT&Tag 技术。本站将其归类于肿瘤 / 肺癌方向，主题标签为 Epigenomics。该数据集面向表观基因组学与肿瘤免疫交叉研究，提供与上述课题相关的生物项目记录入口，便于用户定位和获取该项目所产生的多类型数据。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，源站标题为“YTHDF1 functions as a non-canonical nuclear checkp... (ID 1425513) - BioProject - NCBI”。BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物数据的记录集合，这些计划通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用以查找为该项目生成的各种数据类型。本项目的研究背景围绕 YTHDF1 在细胞核内发挥非经典检查点功能这一主题展开，涉及 R-loop 稳态、先天免疫抑制以及适应性免疫抵抗之间的偶联关系，并以 CUT&Tag 作为核心技术手段。本站分类将其归入肿瘤 / 肺癌领域，主题标签为 Epigenomics，表明该数据集与表观基因组学相关。

【数据内容】

该数据集为 BioProject 记录（ID 1425513），其主题为 YTHDF1 作为非经典核检查点，将 R-loop 稳态与先天免疫抑制及适应性免疫抵抗相偶联，采用 CUT&Tag 技术。围绕该主题所产生的具体数据文件类型、样本数量、数据量、基因组版本、抗体信息、测序深度等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“YTHDF1 functions as a non-canonical nuclear checkp... (ID 1425513) - BioProject - NCBI”。BioProject 记录汇集了与单一研究计划相关的生物数据，这些计划源自单一机构或联合体，并为用户提供查找该项目所生成多种数据类型的统一入口。关于本项目的具体提交机构、研究团队、样本采集地点、采集时间及实验流程等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于表观基因组学与肿瘤免疫交叉研究方向，尤其是围绕 YTHDF1 的核内非经典检查点功能、R-loop 稳态调控、先天免疫抑制与适应性免疫抵抗之间关系的研究。CUT&Tag 技术的采用使其可用于染色质相关结合位点与表观修饰的分析场景。本站分类为肿瘤 / 肺癌，提示其可服务于肺癌相关机制探索。具体适用分析类型与下游应用，源站未提供。

【使用方法】

该数据集为 NCBI BioProject 记录，用户可通过 BioProject 记录所提供的统一入口查找为该项目生成的各种数据类型。关于数据下载方式、文件格式、分析流程、软件参数及复现步骤等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录，其描述指出 BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物数据的集合，并提供查找多种数据类型的统一入口。关于数据质量指标、覆盖度、重复性、批次效应、技术偏差及使用限制等，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“YTHDF1 functions as a non-canonical nuclear checkp... (ID 1425513) - BioProject - NCBI”。关于引用格式、许可条款、使用授权及数据共享政策等，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE319911

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1425513

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

癌细胞内的先天免疫信号在塑造抗肿瘤免疫中发挥重要作用，然而限制不适当免疫激活的核内机制仍未完全明确。YTHDF1是一种mRNA结合蛋白，此前被鉴定为细胞质m⁶A阅读蛋白。新出现的证据表明，YTHDF1也在细胞核中发挥作用，与染色质结合并参与R环稳态的调控。YTHDF1缺失会导致R环积累、基因组不稳定性、胞质DNA释放以及cGAS–STING–I型干扰素通路的激活。在机制上，YTHDF1在免疫相关基因组区域与染色质重塑因子ARID1A相互作用，提示二者在维持基因组稳定性和调控免疫相关转录程序中具有协同作用。为研究YTHDF1和ARID1A扰动对转录组和染色质水平的影响，我们在A549人肺癌细胞中生成了RNA测序（RNA-seq）和R环CUT&Tag数据集。

RNA-seq在两种实验设置下进行：(1) 野生型(WT)和YTHDF1敲除(YTHDF1-KO)细胞；(2) WT、YTHDF1-KO、ARID1A敲低(siARID1A)以及YTHDF1-KO联合ARID1A敲低的细胞。同时，在相同的各条件下进行了R-loop CUT&Tag分析，以评估全基因组R-loop分布。这些数据集为研究YTHDF1和ARID1A在调控R-loop动态及肿瘤内在天然免疫信号中的作用提供了整合的转录组和染色质分析资源。总体设计：在A549细胞中，于四种实验条件下进行CUT&Tag实验：野生型(WT)、YTHDF1敲除(YTHDF1-KO)、ARID1A敲低(siARID1A)以及YTHDF1-KO联合ARID1A敲低。使用针对YTHDF1和ARID1A的抗体进行染色质分析，以评估它们在四种条件下的全基因组占据情况。纳入正常IgG作为阴性对照，以评估背景。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别