基于标志物筛选鉴定ASCL1和POU2F1作为小细胞肺癌中DLL3表达转录共调控因子的CRISPR筛选数据集
该数据集来自NCBI BioProject(ID 1416295),标题为基于标志物筛选鉴定ASCL1和POU2F1作为小细胞肺癌中DLL3表达转录共调控因子的CRISPR筛选
![PRJNA1416295: Marker-based screens identify ASCL1 and POU2F1 as transcriptional coregulators of DLL3 expression in small cell lung cancer [CRISPR Screen]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/106255.jpg)
基本信息
资源简介
基于标志物筛选鉴定ASCL1和POU2F1作为小细胞肺癌中DLL3表达转录共调控因子的CRISPR筛选数据集
该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1416295),英文标题为“Marker-based screens identify ASCL1 and POU2F1 as transcriptional coregulators of DLL3 expression in small cell lung cancer [CRISPR Screen]”,中文可译为“基于标志物筛选鉴定 ASCL1 和 POU2F1 作为小细胞肺癌中 DLL3 表达转录共调控因子的 CRISPR 筛选”。从标题可以看出,该数据集围绕小细胞肺癌展开,采用 CRISPR 筛选技术,通过标志物筛选策略研究 DLL3 表达的转录调控机制,并识别出 ASCL1 与 POU2F1 两个转录共调控因子。数据集在分类上归属于肿瘤 / 肺癌方向,主题标签为 Other,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言,这是一项聚焦小细胞肺癌分子机制、以 CRISPR 筛选为核心手段的生物项目数据集合。
【数据集背景】
小细胞肺癌是一种具有高度侵袭性的肺癌亚型,其分子调控机制的研究对于理解肿瘤发生发展具有重要意义。DLL3 是小细胞肺癌中受到关注的标志物之一,其表达调控机制涉及转录层面的复杂网络。该数据集所对应的 BioProject 旨在通过基于标志物的筛选策略,系统识别调控 DLL3 表达的转录因子。研究标题明确指出,通过此类筛选,ASCL1 和 POU2F1 被鉴定为 DLL3 表达的转录共调控因子。这一背景信息直接来自数据集的标题与分类,反映了该项目在小细胞肺癌转录调控研究中的定位。
【数据内容】
该数据集属于 BioProject 记录,其标题中标注了“[CRISPR Screen]”,表明项目包含 CRISPR 筛选相关的生物学数据。BioProject 作为单一研究计划相关生物学数据的集合,提供用户查找该项目所生成多种数据类型的统一入口。因此,该数据集的内容应涵盖与 CRISPR 筛选、标志物筛选以及 DLL3 表达调控研究相关的数据。不过,关于具体的数据文件类型、样本数量、测序深度、筛选文库设计等细节,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,记录标识为 BioProject ID 1416295。BioProject 记录通常来源于单一组织或联盟发起的研究计划,并汇集该项目产生的多样化数据类型。该数据集在分类上归属于肿瘤 / 肺癌,主题标签为 Other。关于具体的样本采集方式、细胞系来源、实验条件、时间地点等采集信息,源站未提供。
【适用场景】
基于标题与分类,该数据集适用于小细胞肺癌分子机制研究,尤其是围绕 DLL3 表达调控、ASCL1 与 POU2F1 的转录共调控作用以及 CRISPR 筛选策略的应用场景。研究人员可利用该 BioProject 记录查找与该项目相关的数据资源,用于转录调控网络分析、标志物相关筛选研究以及肺癌靶点探索等方向。关于更具体的适用分析流程或下游应用,源站未提供。
【使用方法】
该数据集以 BioProject 记录形式提供,用户可通过 NCBI BioProject 平台访问 ID 1416295,获取该项目所链接的多种数据类型。BioProject 的设计目的是为用户提供一个集中位置,以便发现与单一研究计划相关的数据。关于数据下载格式、分析工具、处理步骤等具体使用方法,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject,属于公共生物数据资源。其标题明确指向 CRISPR 筛选研究,并涉及 ASCL1、POU2F1 与 DLL3 的调控关系。然而,关于数据质量评估指标、覆盖度、重复性、验证实验等信息,源站未提供。此外,该记录的主题标签为 Other,分类为肿瘤 / 肺癌,未提供更细粒度的质量分级或限制说明。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI BioProject,源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的具体引用方式、许可条款、使用限制或授权信息,源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 平台的相关政策与该项目页面所附信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
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使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1416295
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们进行了CRISPR筛选,鉴定出POU2F1是SCLC中DLL3表达的一种新型转录调控因子。我们采用遗传学和表观基因组学方法验证了POU2F1和ASCL1可激活DLL3表达以及神经内分泌谱系转录程序。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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