肿瘤微环境调节因子的体内CRISPR激活筛选指导免疫基因治疗组合的理性设计

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1416066

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

敌对的肿瘤微环境（TME）是癌症免疫治疗面临的主要挑战。在此，我们设计并执行了针对TME的体内CRISPR激活（CRISPRa）筛选，以揭示促进抗肿瘤免疫的因素，最终导向合理设计的免疫基因治疗组合。通过腺相关病毒（AAV）递送，我们发现多路激活编码抗原呈递、细胞因子和共刺激分子（APCM）的免疫调节基因池能够增强抗肿瘤免疫。针对转移性肿瘤中APCM基因的CRISPRa筛选确定了CD80、TNFSF14、CXCL10、TNFSF18、TNFSF9和IFNG作为最优先的免疫刺激候选因子。进一步优化确定了4-1BBL(TNFSF9) + IFNG + IL12B（4II）作为一种有效的精简治疗组合。AAV递送的4II在多种肿瘤模型中展现出强大的体内抗肿瘤疗效，其通过增强肿瘤抗原呈递，同时促进抗肿瘤T细胞的浸润、活化和扩增。我们进一步证明，APCM疗法在体内与CAR-T疗法协同对抗人类实体瘤。

因此，针对APCM因子的CRISPRa筛选和基因激活系统代表了一种强有力的方法，可用于快速开发针对实体瘤的现成免疫基因疗法。总体设计：为了生成转移性肺肿瘤并在免疫压力下进行体内筛选，将E0771-CLCG4I文库细胞通过静脉注射到8-12周龄的雌性C57BL/6J小鼠体内。E0771-1和E0771-2是筛选前的细胞，E0771-Lung1-5是筛选后的肺部肿瘤；6个sgRNA用于分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。