多模态单细胞与空间图谱揭示侵袭性非小细胞肺癌非转移淋巴结中T细胞免疫与B细胞滤泡结构改变
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1404196），针对侵袭性非小细胞肺癌患者的非转移淋巴结，采用多模态单细胞与空间图谱技术，揭示T细胞介导免疫的改变以及B细胞滤泡结构的重塑
基本信息
资源简介
多模态单细胞与空间图谱揭示侵袭性非小细胞肺癌非转移淋巴结中T细胞免疫与B细胞滤泡结构改变
该数据集为 NCBI BioProject 收录项目（ID 1404196），英文标题为“Multimodal single-cell and spatial profiling reveals altered T cell-mediated immunity and B-cell follicular architecture in non-metastatic lymph nodes of patients with aggressive non-small cell lung cancer”。项目聚焦侵袭性非小细胞肺癌患者的非转移淋巴结，采用多模态单细胞与空间图谱技术，旨在揭示T细胞介导免疫的改变以及B细胞滤泡结构的重塑。数据集在站内归类于肿瘤/肺癌方向，主题标签为“Other”，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，该数据集提供了从单细胞与空间维度研究肺癌患者非转移淋巴结免疫微环境改变的数据资源，可用于探索T细胞免疫与B细胞滤泡结构在肿瘤进展中的潜在作用。
【数据集背景】
非小细胞肺癌是肺癌的主要类型之一，其侵袭性亚型往往伴随复杂的免疫微环境改变。淋巴结作为免疫应答的重要场所，在肿瘤患者中即使尚未发生转移，也可能出现免疫细胞组成与组织结构的变化。该数据集所对应的BioProject项目，正是围绕侵袭性非小细胞肺癌患者的非转移淋巴结展开研究，试图通过多模态单细胞与空间图谱技术，刻画T细胞介导免疫的改变以及B细胞滤泡结构的重塑。这一背景使得该数据集在肿瘤免疫学与肺癌研究领域具有明确的问题导向，即关注非转移淋巴结中免疫微环境的早期或伴随性改变，而非仅聚焦于已发生转移的病灶。
【数据内容】
根据源站标题与短描述，该数据集的核心内容涉及多模态单细胞与空间图谱分析，研究对象为侵袭性非小细胞肺癌患者的非转移淋巴结。其分析目标包括揭示T细胞介导免疫的改变以及B细胞滤泡结构的重塑。数据集主题标签为“Other”，站内分类为肿瘤/肺癌。关于具体的细胞类型数量、基因表达矩阵、空间坐标、样本数量、测序深度、图像分辨率等详细数据内容，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于NCBI BioProject数据库中的一条记录，项目ID为1404196。BioProject是围绕单一研究计划或由单一组织或联盟发起的生物数据的集合，其记录为用户提供查找该项目所生成的不同数据类型链接的统一入口。关于样本采集地点、采集时间、患者纳入标准、伦理审批信息、具体实验平台与试剂等采集细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤免疫学、肺癌微环境、单细胞与空间转录组学等研究方向。具体而言，可用于探索非转移淋巴结中T细胞介导免疫的变化、B细胞滤泡结构的重塑，以及这些改变与侵袭性非小细胞肺癌之间的关联。也可作为多模态单细胞与空间图谱分析方法在临床样本中应用的参考数据资源。关于是否适用于临床诊断、预后预测或治疗靶点筛选等具体应用，源站未提供。
【使用方法】
该数据集以NCBI BioProject记录形式提供，用户可通过来源站访问项目入口，并借助BioProject记录中提供的链接查找该项目生成的不同数据类型。关于数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具、参数设置等具体使用方法，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自NCBI BioProject，属于公共数据库收录项目。其标题与短描述表明研究采用多模态单细胞与空间图谱技术，但关于数据质量评估指标、批次效应、样本代表性、技术偏差、验证实验等质量相关信息，源站未提供。同时，该数据集仅针对侵袭性非小细胞肺癌患者的非转移淋巴结，其结论是否可推广至其他肺癌亚型、其他淋巴结状态或其他癌症类型，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、文献出处、DOI、许可协议、使用限制或数据共享政策等信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1404196
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
胸腔内的区域淋巴结（LNs）是重要的免疫枢纽，协调针对非小细胞肺癌（NSCLC）发生与进展的体液免疫和细胞免疫应答。为探究侵袭性NSCLC患者非转移性区域淋巴结中的免疫失调，我们对来自11例接受根治性意向切除患者的36个淋巴结进行了多模态分析，包括CITE-seq、scRNA-seq和成像质谱流式细胞术（IMC）。与N2淋巴结及侵袭性较低疾病（IA期）患者的淋巴结相比，侵袭性较高疾病（IB–IIIA期）患者的区域N1淋巴结表现出功能失调的CD8⁺ T细胞和调节性T细胞（Tregs）的显著富集。这些免疫亚群在空间上与成熟调节性树突状细胞（mregDCs；CD1c⁺、TIM3⁺、LAMP3⁺）共定位，形成一个免疫抑制微环境，且该微环境独特地富集于较高分期患者的N1淋巴结中。同时，较高分期的N1淋巴结含有更多“去皮质化”B细胞滤泡，其特征是生发中心周围套区层的包膜减少。
这种套区结构紊乱与涉及Tregs、CD68⁺ CD163⁺ TIM3⁺巨噬细胞、CD163⁺ TIM3dim单核-髓源性抑制细胞（M-MDSC）、浆B细胞的空间微环境增加有关，而与涉及CD4⁺辅助性T细胞和成纤维细胞网状细胞（FRCs）的空间微环境减少有关。总之，我们的研究结果揭示了侵袭性NSCLC患者区域淋巴结中体液免疫和细胞免疫的平行改变。总体设计：从在波士顿医学中心接受根治性意图切除手术患者的手术标本中采集淋巴结、原发肿瘤和正常肺组织的细针穿刺样本。按照美国癌症委员会指南进行纵隔淋巴结清扫，尽可能切除3个N2站淋巴结和至少1个N1站淋巴结。病理分期为
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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