基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

造血干细胞移植后闭塞性细支气管炎中巨噬细胞向肌成纤维细胞转变的空间转录组学分析

PRJNA1403559 是 NCBI BioProject 收录的一项空间转录组学研究项目，全称为 Spatial Transcriptomics Analysis of Macrophage-to-Myofibroblast Transition in Bronchiolitis Obliterans Following Hematopoietic Stem Cell Transplantation。该项目的核心关注点在于造血干细胞移植后闭塞性细支气管炎这一病理过程中，巨噬细胞向肌成纤维细胞转变的空间转录组学特征。BioProject 作为生物数据集合的记录形式，旨在将源自同一组织或联盟的、围绕单一研究计划产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找与该计划相关的各类数据链接。本站将该数据集归类于肿瘤 / 肺癌方向，主题标签为 Other。

【数据集背景】

该数据集所对应的研究计划聚焦于造血干细胞移植后的闭塞性细支气管炎。闭塞性细支气管炎是造血干细胞移植后可能出现的并发症之一，其病理机制涉及纤维化过程。本项目从空间转录组学角度切入，考察巨噬细胞向肌成纤维细胞转变这一细胞表型转化事件在该疾病过程中的表现。研究以 BioProject 形式组织，属于 NCBI 所维护的生物项目记录体系中的一项。

【数据内容】

该数据集为一项空间转录组学研究项目。其英文名称明确指向对造血干细胞移植后闭塞性细支气管炎中巨噬细胞向肌成纤维细胞转变的空间转录组学分析。BioProject 记录本身提供的是指向该项目所生成各类数据的链接入口，而非单一类型的数据文件。源站未提供关于样本数量、测序深度、基因数目、细胞数量等具体数据规模的信息。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心。其源站标题为“Spatial Transcriptomics Analysis of Macrophage-to-... (ID 1403559) - BioProject - NCBI”，项目编号为 1403559。源站描述指出，BioProject 是围绕单一研究计划、源自单一组织或联盟的生物数据集合，BioProject 记录为用户提供查找该项目所生成多种数据类型的统一入口。除上述来源信息外，源站未提供具体的样本采集地点、时间跨度、伦理审批等细节。

【适用场景】

基于其研究主题，该数据集适用于关注造血干细胞移植后闭塞性细支气管炎发病机制的研究场景，尤其是涉及巨噬细胞向肌成纤维细胞转变这一细胞转化过程的空间转录组学分析。同时，由于本站将其归类于肿瘤 / 肺癌方向，也可能被用于与肺部纤维化、肺部细胞可塑性相关的交叉领域检索。此外，作为 BioProject 记录，它适合作为查找该研究计划下各类关联数据的入口使用。源站未提供关于具体分析流程或下游应用的建议。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1403559）访问该项目，并借助 BioProject 记录所提供的链接入口，查找该研究计划所生成的多种数据类型。源站未提供关于数据下载格式、数据处理步骤、分析工具或代码的说明。

【质量与限制】

该数据集以 BioProject 形式组织，其记录本身是数据链接的集合入口，而非经过统一质控的单一数据产品。源站未提供关于数据质量评估、批次效应、技术偏差或验证实验的信息。此外，源站未提供样本量、重复数等可用于评估统计效力的指标。使用时应以 BioProject 记录所指向的原始数据来源为准。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可条款或使用限制信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE316672

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1403559

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

闭塞性细支气管炎（BO）是造血干细胞移植（HSCT）后慢性移植物抗宿主病（GVHD）的一种严重纤维化表现。巨噬细胞来源的TGF-β与GVHD相关纤维化有关；然而，其在BO中的作用仍不清楚。鉴于巨噬细胞向肌成纤维细胞转化（MMT）在纤维化中的新证据，本研究旨在探讨MMT是否参与BO的发生发展。我们分析了三名接受肺移植的BO型HSCT受者的肺样本，并以两名肺癌患者的组织作为对照。采用空间转录组学技术，对泡沫巨噬细胞在不同解剖区域和组织学阶段的基因表达进行了分析，并与对照的细支气管周围区域进行比较。总体设计：使用GeoMx DSP对细支气管进行空间转录组学分析

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别