PRJNA1373113：Cd4+ T细胞群体与Tpex CD8 T细胞协同介导肿瘤微环境抗肿瘤免疫[肾癌]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1373113

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

CD8⁺ T细胞的启动、扩增和功能依赖于CD4⁺ T细胞通过树突状细胞的辅助。前体耗竭T细胞（Tpex）在肿瘤微环境（TME）中维持自我更新并供给细胞毒性CD8⁺ T细胞，但其CD4⁺ T细胞伙伴的身份尚不清楚。在此，我们对来自肺癌患者的外周血、肿瘤和淋巴结进行了scRNA-seq、scTCR-seq和质谱流式分析，鉴定出一群IL-7Rhigh CCR6⁺ Th1样CD4⁺ T细胞，命名为Th7R，其在数量和空间上与Tpex细胞相伴。Th7R细胞表达淋巴毒素-β和CXCL13，与高内皮微静脉相关，并在三级淋巴结构中与Tpex共定位。此外，Th7R细胞的丰度与TME和淋巴结中Tpex的数量相关，且过继转移Th7R可在临床前皮肤癌小鼠模型中增加Tpex。在肺癌患者中，TME中的Th7R和Tpex与新辅助PD-1阻断治疗的更好应答相关。因此，这些结果表明Th7R细胞作为Tpex CD8 T细胞的伙伴，维持抗肿瘤T细胞免疫。

总体设计：对临床前肾癌患者PBMC样本进行scRNA-seq分析。使用10x Genomics Chromium Next GEM Single Cell 5’ Reagent Kits进行单细胞RNA测序、TCR库分析和表面蛋白表达分析。从同一细胞中生成基因表达（GEX）、TCR（V(D)J）和抗体衍生标签（ADT）文库，从而能够对转录组、克隆型和表面标志物进行整合分析，以比较不同区室间的T细胞表型和克隆结构。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。