PRJNA1302406：小鼠与人类肿瘤相关树突状细胞的泛癌单细胞图谱
该数据集为 NCBI BioProject 收录的 PRJNA1302406 项目，主题为小鼠与人类肿瘤相关树突状细胞的泛癌单细胞图谱
基本信息
资源简介
PRJNA1302406：小鼠与人类肿瘤相关树突状细胞的泛癌单细胞图谱
PRJNA1302406 是 NCBI BioProject 数据库收录的一个生物项目，其英文名称为“Pan-cancer single-cell atlas of mouse and human tumor-associated dendritic cells”，中文可译为“小鼠与人类肿瘤相关树突状细胞的泛癌单细胞图谱”。该项目聚焦于肿瘤相关树突状细胞这一免疫细胞群体，试图在泛癌尺度上整合小鼠与人类两个物种的单细胞层面信息。从标题与侧写线索来看，该数据集的核心主题是跨癌种的树突状细胞单细胞图谱构建，属于肿瘤免疫与单细胞组学交叉方向的数据资源。本站将其归入肿瘤 / 肺癌分类，主题标签为 Other。整体而言，这是一个由 NCBI BioProject 收录、以泛癌树突状细胞为研究对象的单细胞图谱类项目记录。
【数据集背景】
BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级数据组织方式，用于汇集与某一项研究计划相关的各类生物数据。按照源站描述，一个 BioProject 通常源自单一机构或联合体，其记录为用户提供一个统一入口，以便找到该项目所产生的多种数据类型。PRJNA1302406 正是在这一框架下建立的项目记录，其研究主题为小鼠与人类肿瘤相关树突状细胞的泛癌单细胞图谱。该项目的定位并非单一癌种或单一物种的局部观察，而是以“泛癌”为范围，同时覆盖小鼠与人类，围绕肿瘤相关树突状细胞展开单细胞层面的图谱构建。本站将该数据集归入肿瘤 / 肺癌分类，主题标签为 Other，说明其在分类体系中与肿瘤领域相关，但具体标签未进一步细化。
【数据内容】
根据项目英文名称，该数据集的内容围绕“泛癌单细胞图谱”展开，对象为小鼠和人类的肿瘤相关树突状细胞。标题中“Pan-cancer”表明其覆盖多种癌症类型，“single-cell atlas”表明其数据组织形式为单细胞层面的图谱，“mouse and human”表明其同时涉及小鼠与人类两个物种，“tumor-associated dendritic cells”则明确了所关注的细胞类型为肿瘤相关树突状细胞。除上述标题信息外，源站未提供关于数据内容的具体细节，例如样本数量、细胞数量、测序平台、数据文件类型等均未在已有信息中说明。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）的 BioProject 数据库，项目编号为 PRJNA1302406。源站标题显示为“Pan-cancer single-cell atlas of mouse and human tu... (ID 1302406) - BioProject - NCBI”，表明该记录是 BioProject 中的一个项目条目。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、具体研究机构或联合体名称等，源站未提供。
【适用场景】
从项目主题来看，该数据集可能适用于肿瘤免疫学、单细胞组学以及比较生物学等方向的研究，尤其是关注肿瘤相关树突状细胞在不同癌种、不同物种之间共性与差异的分析场景。由于标题明确涉及小鼠与人类，该数据集也可能用于跨物种比较研究。此外，泛癌尺度的单细胞图谱通常可用于细胞类型注释参考、免疫微环境分析等用途。但需注意，以上仅为基于标题与领域常识的通用适用方向说明，源站未提供该数据集的具体适用场景说明。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、文件格式、分析流程、配套工具或代码等均未在已有信息中说明。用户如需使用，应前往 NCBI BioProject 中该项目编号对应的记录页面，依据源站提供的链接与说明获取数据。
【质量与限制】
源站未提供关于该数据集质量评估、数据完整性、批次效应处理、注释可靠性等方面的具体信息。已知的限制在于：当前可获取的信息仅来自项目标题、源站分类与简短描述，缺乏对样本规模、物种比例、癌种覆盖范围、数据模态等关键属性的说明。因此，在未获取源站完整记录之前，不宜对该数据集的质量与适用范围作出具体判断。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。用户在使用该数据集时，应查阅 NCBI BioProject 对应记录页面，以获取官方要求的引用格式与使用条款。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1302406
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
树突状细胞（DCs）在抗肿瘤免疫中起着关键的诱导作用。然而，在癌症背景下，对小鼠和人类DC亚群及其状态的全面映射尚付阙如。为了填补这一知识空白，我们生成了泛癌小鼠和人类肿瘤相关DC（TADC）的单细胞RNA测序图谱，涵盖了15种小鼠肿瘤模型和10种人类癌症类型，在其中我们识别了几种谱系定义的DC亚群及其功能状态。我们发现，随着肿瘤进展，TADC获得炎症特征，并且肿瘤介导的重编程发生在荷瘤小鼠淋巴结的DC中。重要的是，我们证明了TADC在小鼠和人类之间是保守的，并且不同TADC亚群/状态的基因特征与患者预后相关。总体而言，我们提供了小鼠和人类癌症中TADC区室的深入表征，这可以增进我们对肿瘤微环境的理解，并有助于新型抗癌疗法的开发。
总体设计：E0771 scRNAseq动力学数据集：来自原位E0771乳腺癌小鼠模型肿瘤的CD45+7-AAD-MHC-II低-高CD11c-/+细胞，在肿瘤接种后9、14或21天。B16-F10 scRNAseq数据集：来自B16-F10黑色素瘤小鼠模型肿瘤的CD45+7-AAD-细胞。LLC-OVA数据集：来自皮下LLC-OVA肺癌小鼠模型的CD45+7-AAD-细胞（肿瘤和肿瘤引流淋巴结，scRNAseq）或未分选的脾细胞（scRNA/BCR-seq）。KP动力学CITEseq数据集：来自自发性KrasLSL-G12D/+; Trp53fl/fl (KP)肺癌小鼠模型肿瘤的CD45+7-AAD-细胞，在Cre诱导后5周（早期）或8周（晚期）。PyMT_spontaneous scRNAseq数据集：来自自发性MMTV-PyMT乳腺癌小鼠模型肿瘤的CD45+Viobility 488/520-细胞。KPM scRNAseq数据集：来自自发性KrasLSL-G12D/+;p53fl/fl;Msh2fl/fl (KPM)肺癌小鼠模型肿瘤的未分选细胞。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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