基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

呼吸道疾病唾液代谢组学与微生物组学临床研究

PRJEB20888 是一个公开的生物学项目记录，其完整英文名称为 Clinical Study of Saliva Metabolomics and Microbiomics in respiratory Diseases，中文可译为“呼吸道疾病唾液代谢组学与微生物组学临床研究”。该记录来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，源站标题标注为 AmpliconSeqSaliva（ID 508013）。从名称与分类来看，该项目聚焦于呼吸道疾病背景下唾液样本的代谢组与微生物组联合研究，并带有临床研究的属性。本站将其归入肿瘤 / 肺癌分类，主题标签为 Other。整体而言，这是一个以唾液为样本类型、以呼吸道疾病为研究场景、结合代谢组学与微生物组学两种组学手段的临床研究项目记录，其数据可通过 NCBI BioProject 平台进行检索与访问。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级记录形式，用于汇集与某一项单一研究计划相关的各类生物学数据。按照源站描述，一个 BioProject 通常源自某个单一组织或某个联合体，其作用是为用户提供一个统一的入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。PRJEB20888 即属于此类记录，其研究主题为呼吸道疾病中的唾液代谢组学与微生物组学临床研究。本站将该数据集归入肿瘤 / 肺癌分类，主题标签为 Other，说明其在应用领域上与肿瘤学、特别是肺癌方向存在关联标注。该项目的标题明确指向呼吸道疾病，并同时涵盖唾液代谢组学与微生物组学两个方向，提示其研究设计可能同时关注唾液中的小分子代谢物与微生物群落构成。

【数据内容】

根据源站标题，该记录对应的数据条目为 AmpliconSeqSaliva（ID 508013），其中“AmpliconSeq”提示涉及扩增子测序，而“Saliva”提示样本类型为唾液。结合项目标题中的“Metabolomics and Microbiomics”，可以判断该项目的数据内容围绕唾液样本的代谢组学与微生物组学展开。BioProject 记录本身并不直接存储全部原始数据，而是提供指向该项目所生成的各种数据类型的链接。因此，PRJEB20888 的数据内容应以该项目在 NCBI 及其他相关数据库中关联的数据条目为准。除上述信息外，关于具体样本数量、测序平台、代谢物种类、微生物分类单元等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 AmpliconSeqSaliva（ID 508013） - BioProject - NCBI。项目编号为 PRJEB20888，属于 NCBI BioProject 体系下的记录。按照 BioProject 的一般定义，该项目来源于单一组织或联合体，但具体的研究机构、临床中心、样本采集地点、采集时间跨度、受试者纳入标准等信息，源站未提供。样本类型为唾液，这一点可从项目标题与源站标题中的“Saliva”推断，但具体的采集流程、保存条件与运输方式等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸道疾病相关的组学研究场景，尤其是以唾液为样本、同时关注代谢组与微生物组的临床研究。由于本站将其归入肿瘤 / 肺癌分类，该数据也可能被用于肺癌相关生物标志物探索、呼吸道疾病与肿瘤之间关联分析等方向的参考。此外，对于需要利用 BioProject 记录查找多组学数据链接的研究者，该条目可作为入口，用于定位扩增子测序数据及相关代谢组学数据。具体的适用分析类型、可支持的统计方法以及是否适合作为验证集或训练集，源站未提供。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 平台，以编号 PRJEB20888 或标题 AmpliconSeqSaliva（ID 508013）进行检索，进而访问该项目所关联的各类数据。BioProject 记录的设计目的即在于提供单一入口，方便用户找到同一项目下不同数据类型的分发链接。因此，使用该数据集时，建议先查阅 BioProject 页面上的关联链接，再根据具体的数据类型进入相应的数据库或下载渠道。关于数据下载格式、预处理步骤、分析流程与软件参数等，源站未提供。

【质量与限制】

该记录为 BioProject 项目级条目，其本身并不等同于经过完整质控的分析就绪数据集。数据的质量取决于该项目所关联的原始数据与分析结果，而关于样本量、测序深度、代谢物鉴定置信度、微生物分类分辨率、批次效应控制等具体质量指标，源站未提供。此外，该数据集被标注为肿瘤 / 肺癌分类，但项目标题指向呼吸道疾病，二者之间的具体关联程度与适用范围，源站未提供。使用者在将其用于特定疾病研究前，应自行核实原始数据与研究设计。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 PRJEB20888。关于该项目的具体引用方式、文献出处、数据使用许可条款、是否允许再分发或商业使用等信息，源站未提供。使用者在引用或使用该数据集时，应直接查阅 NCBI BioProject 页面及相关数据条目所附的许可与引用说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB20888

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB20888

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性与急性呼吸系统疾病是临床医生面临的重大挑战，其发病率在全球范围内持续上升。开发能够准确、快速诊断呼吸系统疾病类型和分期的方法至关重要。许多方法正聚焦于以血清或痰液等作为筛查方案的基础。人类唾液中的许多生物分子来源于循环系统，因此，唾液为多种疾病提供了一种非侵入性的诊断工具。在本研究中，我们评估了唾液在揭示关键变化方面能够发挥多大作用。特别是，我们采用了代谢组学方法——该方法能够在几分钟内准确量化样本中的化学成分（数千种生化物质）——对93份唾液样本进行了评估。唾液此前也曾作为一种生物流体用于代谢组学，以识别特定的口腔癌、乳腺癌和胰腺癌特征。采样人群包括来自Hywel Dda卫生局辖区Prince Phillip医院、Gwangli医院和Bronglais医院的53名COPD患者。

这些样本包括38名年龄匹配的志愿者对照组、8名肺癌患者和18名患有多种呼吸系统疾病的患者。样本由50微升唾液组成，采用代谢组学方法进行分析，涉及使用电喷雾电离质谱（FIE-MS）技术，生成了一个包含169个样本×6500种代谢物的大型数据集。应用“多变量”统计方法能够识别出特定样本类别中不同的代谢物。通过使用主成分分析（PCA）等统计方法，我们证明唾液能够区分每个临床分类的样本与对照组。这些结果通过交叉验证的接收者操作特征（ROC）曲线得到验证，该曲线表明诊断准确性大于0.70。作为样本集之间变异来源的个别化学物质已被识别。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别