基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

肺神经内分泌肿瘤 lungNENomics 队列空间转录组数据

PRJEB113187 是 NCBI BioProject 收录的一项空间转录组数据集，全称为 Spatial transcriptomics data from the lungNENomics cohort of lung neuroendocrine tumours，即来自肺神经内分泌肿瘤 lungNENomics 队列的空间转录组数据。该数据集在分类上归属于肿瘤与肺癌研究范畴，主题标签为 Other，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。从标题和队列名称可以看出，它聚焦于肺神经内分泌肿瘤这一相对少见的肿瘤类型，并采用空间转录组技术获取数据，为在组织空间背景下研究该类肿瘤的分子特征提供了数据基础。BioProject 作为生物数据的集合记录，将同一项研究计划下产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找和访问。

【数据集背景】

该数据集依托 lungNENomics 队列建立，研究对象为肺神经内分泌肿瘤。肺神经内分泌肿瘤是一类具有神经内分泌分化特征的肺部肿瘤，其生物学行为和分子特征具有独特性。空间转录组技术能够在保留组织空间位置信息的前提下检测基因表达，因而适合用于探索肿瘤组织内部不同区域、不同细胞群体之间的表达差异与空间组织规律。该数据集以 BioProject 形式发布，属于 NCBI 收录的公开生物项目记录之一。

【数据内容】

该数据集的核心内容为空间转录组数据，来源于肺神经内分泌肿瘤 lungNENomics 队列。数据以 BioProject 记录的形式组织，项目编号为 PRJEB113187，源站记录 ID 为 1486821。BioProject 记录本身提供指向该项目所产生各类数据的链接入口，用户可通过该记录定位到与 lungNENomics 队列空间转录组研究相关的数据资源。关于样本数量、测序平台、基因覆盖范围、空间分辨率等具体技术参数，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，以 BioProject 形式发布，项目英文名称为 PRJEB113187: Spatial transcriptomics data from the lungNENomics cohort of lung neuroendocrine tumours。BioProject 由单一机构或联盟发起，用于汇集与某一研究计划相关的生物数据。该数据集所属的 lungNENomics 队列的具体组织来源、采集地点、采集时间及伦理审批信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肺神经内分泌肿瘤相关的空间转录组研究，可用于探索肿瘤组织内基因表达的空间分布特征，也可作为肿瘤与肺癌研究领域的参考数据资源。由于采用空间转录组技术，其潜在应用方向包括肿瘤微环境的空间异质性分析、不同组织区域表达模式的比较等。具体适用分析类型需结合数据实际内容判断，源站未提供进一步说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1486821）访问该项目，并借助记录中提供的链接查找与 lungNENomics 队列空间转录组相关的数据。BioProject 记录的作用在于集中呈现同一项目下的多种数据类型入口。关于数据下载方式、文件格式、分析流程及配套工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 收录的公开项目记录，其数据质量与完整性依赖于原始研究方的提交内容。关于样本量、数据覆盖度、质控指标、批次效应等技术质量信息，源站未提供。使用时应结合原始研究文献与项目记录中的说明进行评估。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，项目编号为 PRJEB113187。关于引用方式、许可条款及使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB113187

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB113187

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本数据集包含四种肺神经内分泌肿瘤（lung NETs）的空间转录组学数据，这是一种罕见且研究不足的肺癌类型。数据集由原始测序数据、元数据和基因表达矩阵组成。它是lungNENomics项目的一部分。有关该系列的处理数据，请参见https://doi.org/10.5281/zenodo.19366762，其中包括本数据集中四个样本的下游分析数据，如推断的CNV和非整倍体状态，以及每个空间点的空间域和细胞比例。lungNENomics项目还为200多个样本的系列生成了其他分子数据。原始测序数据（RNA-seq的fastq文件、WGS的cram文件和甲基化阵列的idat文件）托管在欧洲基因组-表型组档案网站上，研究编号为EGAS00001005979。lungNENomics项目的医学影像数据（苏木精和伊红染色的全切片图像）托管在EBI bioImage Archive中（10.6019/S-BIAD3143）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别