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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

CSE与对照队列的TMB比较

PRJEB108886 是一个以“TMB in CSE versus control cohort”为主题的生物项目记录，收录于 NCBI 的 BioProject 数据库，编号为 1485506。该项目围绕 CSE 与对照队列之间 TMB 的比较展开，所属方向为肿瘤，尤其与肺癌相关。BioProject 作为一种生物数据集合，通常用于汇集由单一机构或联盟发起的同一项研究计划所产生的多种数据类型，并为用户提供一个集中入口，以便查找和链接该项目生成的不同类型数据。该记录的主题标签为“Other”，其短描述也指出，数据核心在于 CSE 与对照队列之间的 TMB 比较，同时 BioProject 记录将同一项目产生的多种数据类型汇集于一处，便于查找相关数据链接。以下依据可获得的信息，对该数据集作进一步介绍。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，英文名称为“PRJEB108886: TMB in CSE versus control cohort”，源站标题为“TMB in CSE versus control cohort (ID 1485506) - BioProject - NCBI”。从标题和分类来看，该项目的关注点在于 CSE 与对照队列之间的 TMB 比较，属于肿瘤研究领域，并与肺癌方向相关。BioProject 的定位是汇集与单一研究计划相关的生物数据，这些数据可能来自单一组织或联盟。该记录为用户提供了一个统一的位置，用于发现和访问同一项目所产生的多种数据类型。关于该项目具体的组织背景、研究机构、联盟组成以及立项动因，源站未提供。

【数据内容】

该项目的数据内容围绕 CSE 与对照队列之间的 TMB 比较展开。TMB 作为肿瘤研究中的常见概念，通常与突变负荷相关，但该数据集具体包含哪些样本、采用何种检测方式、涉及多少病例或对照、包含哪些组学层面或临床信息，源站未提供。BioProject 记录本身并不一定直接展示全部原始数据，而是提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接。因此，该记录的内容更多体现为项目级元数据与数据入口，而非单一类型的数据文件。关于数据的具体规模、格式、字段结构、样本数量及分组细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 资源。BioProject 记录通常由单一组织或联盟发起，用于汇集同一研究计划下的多种生物数据。该项目的源站描述指出，BioProject 是相关生物数据的集合，来源于单一组织或联盟，并为用户提供查找不同数据类型链接的统一入口。关于该项目的具体样本采集地点、时间范围、伦理审批信息、测序平台或实验方法，源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息，该数据集适用于关注肿瘤尤其是肺癌方向中 CSE 与对照队列之间 TMB 比较的研究人员。用户可以通过该 BioProject 记录查找与该项目相关的数据链接，进而获取同一项目产生的多种数据类型。它可能有助于了解该研究计划的数据组织方式，并作为进一步分析或整合研究的入口。关于该数据集是否适用于特定类型的再分析、临床解读、方法学比较或验证研究，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录，标题为“TMB in CSE versus control cohort (ID 1485506) - BioProject - NCBI”。BioProject 记录的作用是提供单一入口，以便查找该项目生成的不同数据类型的链接。因此，使用该数据集时，通常需要先查看项目记录中的相关链接，再根据链接跳转至具体数据资源。关于如何下载、处理、分析或整合这些数据，源站未提供具体说明。

【质量与限制】

该记录属于 BioProject 项目级元数据，主要提供项目背景与数据链接，而非直接呈现完整的实验数据或分析结果。由于源站未提供样本量、检测方法、数据完整性、质控标准、批次效应、统计方法及结果验证等信息，无法对该数据集的质量作出具体判断。此外，该项目的主题标签为“Other”，分类为肿瘤 / 肺癌，但具体研究问题、终点指标和适用范围仍需依据原始数据进一步确认。关于数据的使用限制、访问权限及可能的偏倚，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“TMB in CSE versus control cohort (ID 1485506) - BioProject - NCBI”。关于该项目的具体引用格式、作者列表、发表文献、许可协议、数据使用条款及再分发限制，源站未提供。用户在使用时应以 NCBI BioProject 记录页面所附信息为准，并遵循源站的相关政策。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB108886

访问原始数据

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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB108886

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

吸烟可通过多种机制影响肿瘤进展，其中之一是调节神经元活动。在此，我们在小鼠肺癌原位模型中评估了我们的吸烟提取物（CSE）方案的致突变潜力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别