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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

LRRC15+癌症相关成纤维细胞在人与小鼠肿瘤中的转录组特征：基于bulk与单细胞RNA测序（PRJCA049462）

PRJDB41477（对应 PRJCA049462）是一个收录于 NCBI BioProject 的肿瘤转录组数据集，其英文全称为 Transcriptomic characterization of LRRC15+ cancer associated fibroblasts in human and mouse tumors via bulk and single-cell RNA sequencing。该数据集聚焦于 LRRC15 阳性癌症相关成纤维细胞（cancer associated fibroblasts）在人类与小鼠肿瘤中的转录组特征，采用 bulk RNA 测序与单细胞 RNA 测序两种技术路线进行刻画。数据集在站内被归类于肿瘤 / 肺癌方向，主题标签为 Other，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov，其源站标题指向 Mus musculus（ID 1459212）的 BioProject 记录。整体而言，该数据集为研究肿瘤微环境中特定成纤维细胞亚群的基因表达特征提供了转录组层面的数据资源。

【数据集背景】

癌症相关成纤维细胞是肿瘤微环境中的重要细胞成分，在肿瘤发生、发展及治疗响应中扮演关键角色。LRRC15 作为一种标记分子，其在癌症相关成纤维细胞中的表达特征近年来受到关注。该数据集正是围绕 LRRC15+ 癌症相关成纤维细胞展开，旨在通过转录组测序手段，在人与小鼠两种物种的肿瘤模型中系统刻画这一类细胞的表达谱特征。数据集来源于 NCBI BioProject，该平台是收集与单一研究计划相关的生物学数据的集合，由单一机构或联盟发起，为用户提供查找该项目所产生的多种数据类型链接的统一入口。

【数据内容】

该数据集的核心内容为转录组测序数据，涵盖 bulk RNA 测序与单细胞 RNA 测序两种类型。研究对象为人类与小鼠肿瘤中的 LRRC15+ 癌症相关成纤维细胞。通过 bulk 测序可获得群体水平的基因表达信息，通过单细胞测序则可解析细胞异质性，识别 LRRC15+ 癌症相关成纤维细胞亚群及其转录特征。数据集在站内分类中归属于肿瘤 / 肺癌方向，主题标签为 Other。关于具体的样本数量、测序深度、基因数目、细胞数等详细指标，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 Mus musculus（ID 1459212） - BioProject - NCBI。其 BioProject 记录提供了查找该项目所产生各类数据的统一入口。数据集英文名中同时标注了 PRJDB41477 与 PRJCA049462 两个编号。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、测序平台型号、建库方法等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤微环境研究，尤其是针对癌症相关成纤维细胞亚群的分析。研究人员可利用 bulk RNA 测序数据比较 LRRC15+ 癌症相关成纤维细胞与其他细胞群体或不同条件下的整体表达差异；利用单细胞 RNA 测序数据则可在单细胞分辨率下识别 LRRC15+ 成纤维细胞亚群、分析其异质性及与其他细胞类型的相互作用。此外，由于数据集涵盖人与小鼠两个物种，可用于跨物种比较研究。在肺癌方向的分类下，该数据集也可为肺癌微环境相关研究提供参考。关于该数据集是否适用于其他特定癌种或特定分析流程，源站未提供。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 平台访问该数据集记录，并经由记录中提供的链接获取该项目所产生的各类数据。由于该数据集包含 bulk 与单细胞 RNA 测序两种数据类型，使用时可分别按照相应的转录组分析流程进行处理：bulk 数据可用于差异表达分析、富集分析等；单细胞数据可用于细胞聚类、细胞类型注释、亚群鉴定等。关于数据的具体下载方式、文件格式、是否提供原始数据或处理后数据等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共数据库收录的研究项目数据。关于数据质量评估指标、测序质量分数、批次效应、样本重复数、数据完整性等具体信息，源站未提供。使用者在使用时应注意，该数据集聚焦于 LRRC15+ 癌症相关成纤维细胞，其结论的适用范围可能受物种、肿瘤模型及实验条件限制。关于该数据集是否存在已知的技术偏差或生物学限制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集对应 BioProject 编号 PRJDB41477 及 PRJCA049462，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及是否允许再分发等具体信息，源站未提供。使用者在引用或使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 平台的相关政策及源站记录中的说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJDB41477

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB41477

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

癌症相关成纤维细胞（CAFs）是肿瘤微环境中一个关键且异质性的组成部分，在肿瘤进展中发挥着多样化的作用。在此，我们确认LRRC15+ CAFs为肺癌中一种肿瘤特异性的CAF亚群，并提出LRRC15作为潜在的治疗靶点。我们为理解LRRC15+ CAFs在人类和小鼠系统中的表型、功能及保守性提供了宝贵的资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别