肺癌吸烟者正常气道及气道异型增生中的PI3K通路活性

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-12815

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在支气管镜检查过程中，从当前吸烟者和既往吸烟者中收集了细胞学正常的气道上皮样本。本研究纳入的受试者要么疑似患有肺癌，要么气道存在不典型增生，要么是健康的当前吸烟者、既往吸烟者或从不吸烟者。我们将本研究的样本补充到现有的GEO系列（GSE4115和GSE7895）中，以探索这些队列中的PI3K通路活性。本研究包含：2个来自伴有COPD的吸烟者（无肺癌）的芯片，1个来自不伴有COPD的吸烟者（无肺癌）的芯片；2个来自肺癌患者的样本，2个来自非肺癌患者的样本；20个来自10名配对个体的气道不典型增生治疗前后（肌醇治疗）的样本，6个额外的来自气道不典型增生个体的样本；27个来自乳腺上皮细胞的样本，用于致癌通路分析，这些样本要么PI3K通路被激活，要么Np63通路被激活，要么是GFP对照。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。