Nkx2-1 抑制肺腺癌中潜在的胃分化程序

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-43252

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在癌症演化过程中，组织特异性分化程序会发生失调。转录因子Nkx2-1是肺分化的主调控因子，在低分化的肺腺癌中表达下调。本研究利用条件性小鼠遗传学方法，探讨肺上皮细胞在失去其主细胞命运调控因子后的命运转归。在正常肺和肿瘤性肺组织中敲除Nkx2-1，不仅导致肺身份丧失，还引起胃转分化。Nkx2-1通过将Foxa1转录因子隔离在肺特异性基因座上，并抑制Foxa1与胃肠道靶基因的结合，从而维持肺身份。Nkx2-1阴性的小鼠肺肿瘤与人肺腺癌的黏液亚型相似，后者同样表现出胃转分化。Nkx2-1阴性肺腺癌的有效起始依赖于胃肠道基因Hnf4a。因此，Nkx2-1的缺失在体内引起的是转分化而非稳定的去分化，提示肿瘤要达到原始的去分化状态，需要同时失活活跃的和潜伏的分化程序。

来自小鼠肺腺癌的ChIP-seq数据，涉及：(i) 在Nkx2-1缺失肿瘤和Nkx2-1阳性对照肿瘤中的转录因子Nkx2-1和Foxa；(ii) 在Nkx2-1缺失肿瘤和Nkx2-1阳性对照肿瘤中的四种组蛋白修饰。（所有样本均设复孔并包含输入对照，即(2 x [(3+3) + (2+8)]) - 1 = 31个样本总数 - 1个用于转录因子和组蛋白修饰的输入对照，GSM1059357）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。