小鼠肺部肿瘤 HER2(V659E) 与 KRAS(G12V) 对比正常肺组织

该数据集来自 omicsdi.org,属于肿瘤/肺癌分类,主题为转录组学。数据涵盖 13 个正常肺组织样本、18 个携带 KRAS(G12V) 突变的肺部肿瘤样本以及 18 个携带 HER2(V659E) 突变的肺部肿瘤样本,所有样本均与 Stratagene 通用小鼠参考 RNA 杂交,并采用染料

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时间序列分类Transcriptomics
Murine lung tumors- HER2(V659E) and KRAS(G12V) vs normal lung

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

小鼠肺部肿瘤 HER2(V659E) 与 KRAS(G12V) 对比正常肺组织

该数据集名为 Murine lung tumors- HER2(V659E) and KRAS(G12V) vs normal lung,来源于 omicsdi.org,在分类上归属于肿瘤 / 肺癌方向,主题标签为转录组学。数据集围绕小鼠肺部肿瘤与正常肺组织之间的转录组差异展开,包含三类样本:13 个正常肺组织样本、18 个携带 KRAS(G12V) 突变的肺部肿瘤样本,以及 18 个携带 HER2(V659E) 突变的肺部肿瘤样本。所有样本均与 Stratagene 通用小鼠参考 RNA 进行杂交,并采用染料交换策略。该数据集可用于比较不同驱动突变背景下肺部肿瘤的转录特征,并观察其与正常肺组织之间的表达差异,为肺癌相关转录组研究提供样本层面的数据基础。

【数据集背景】

该数据集聚焦于小鼠肺部肿瘤的转录组分析,涉及两种常见的肿瘤驱动突变:KRAS(G12V) 与 HER2(V659E)。在肿瘤研究中,KRAS 与 HER2 相关信号通路是肺癌发生发展的重要研究对象,利用携带特定突变的动物模型肿瘤样本与正常肺组织进行对比,有助于从转录层面观察突变相关肿瘤与正常组织之间的差异。该数据集以正常肺组织作为对照,同时纳入两种不同突变类型的肺部肿瘤样本,为在同一实验框架下比较不同突变驱动肿瘤的转录特征提供了可能。其主题标签为转录组学,说明数据核心在于基因表达层面的检测与分析。

【数据内容】

数据集包含三类样本:正常肺组织 13 个样本,KRAS(G12V) 肺部肿瘤 18 个样本,HER2(V659E) 肺部肿瘤 18 个样本。所有样本均与 Stratagene 通用小鼠参考 RNA 杂交,并采用染料交换方式。样本分组覆盖正常肺组织与两种突变型肺部肿瘤,能够支持正常组织与肿瘤组织之间、以及不同突变型肿瘤之间的转录组比较。数据所属分类为肿瘤 / 肺癌,主题为转录组学。除上述样本数量、突变类型、参考 RNA 及染料交换策略外,源站未提供更多关于具体基因、表达值、差异分析结果或通路富集结果的信息。

【采集与来源】

该数据集来自 omicsdi.org。根据源站描述,其转录谱分析涵盖 13 个正常肺样本、18 个 KRAS(G12V) 肺部肿瘤样本和 18 个 HER2(V659E) 肺部肿瘤样本,这些样本与 Stratagene 通用小鼠参考 RNA 杂交,并采用染料交换。除来源站与上述描述外,源站未提供关于样本采集地点、实验时间、动物品系、饲养条件、测序或芯片平台具体型号等更多信息。

【适用场景】

该数据集适用于小鼠肺癌转录组研究相关场景,尤其是围绕 KRAS(G12V) 与 HER2(V659E) 两种突变驱动肺部肿瘤与正常肺组织之间表达差异的比较分析。可用于探索不同突变背景下肿瘤样本的转录组特征,也可作为肺癌动物模型转录组数据资源,用于方法验证、表达模式观察或与其他转录组数据集的整合分析。由于数据同时包含正常肺组织和两种突变型肿瘤样本,适合开展分组比较类研究。具体分析目标需结合使用者自身研究问题确定,源站未提供特定应用结论。

【使用方法】

该数据集以转录组学数据形式提供,样本与 Stratagene 通用小鼠参考 RNA 杂交,并采用染料交换设计。使用时可依据样本分组信息,将 13 个正常肺组织样本、18 个 KRAS(G12V) 肿瘤样本和 18 个 HER2(V659E) 肿瘤样本分别归类,进行表达谱比较。染料交换策略通常用于降低染料偏好带来的技术偏差,在数据处理时需结合具体平台和预处理流程加以考虑。源站未提供关于数据下载格式、预处理步骤、标准化方法、分析软件或代码的详细信息,使用者需根据数据实际获取形式自行确定处理方式。

【质量与限制】

该数据集包含明确的样本分组与数量信息,并采用参考 RNA 杂交与染料交换策略,这些设计有助于支持转录组比较分析。但源站未提供关于数据质量评估、重复性、批次效应、测序深度或芯片信号质量等具体指标。样本量方面,正常肺组织为 13 个,两种肿瘤样本各 18 个,属于中等规模分组。由于源站未提供详细的实验条件、平台信息与数据处理说明,使用者在解释结果时需注意这些限制。此外,该数据集仅涉及小鼠模型,不能直接等同于人类肺癌样本,跨物种外推需谨慎。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-18784

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Transcriptiional profling of 13 normal lung samples, 18 lung KRAS(G12V) tumor samples, and 18 lung HER2(V659E) tumor samples 13 normal lung samples, 18 lung KRAS(G12V) tumor samples, and 18 lung HER2(V659E) tumor samples hybridized against Stratagene universal mouse reference RNA with dye swap

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