肺癌与对照样本全血miRNA表达谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-17681

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目旨在检测肺癌患者外周血样本中miRNA的特异性模式。作为对照，我们检测了无已知疾病献血者的血液。利用这些miRNA模式，我们期望发现可用于非小细胞肺癌无创诊断的诊断模式。在本研究中，我们使用由febit制造的sanger miRBAse 12.0 miRNA生物芯片，将17例肺癌样本与19例对照样本进行了比较。样本使用Geniom实时分析仪（GRTA，febit gmbh，德国海德堡）和Geniom Biochip miRNA Homo sapiens进行分析。每个芯片包含Sanger miRBase 12.0中注释的866个miRNA和miRNA星序列的7个重复。为了对该平台进行基准测试，我们使用购买的大脑和肝脏样本总RNA（ambion）测试了技术重复，达到了0.97的相关性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。