MiRNA与肺癌(INCA项目)- 40个miRNA微阵列

该数据集来自omicsdi.org,收录了40个miRNA微阵列,用于比较20对原发性肺癌组织与其对应的非癌肺组织中的microRNA表达模式

omicsdi
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基因组分类Transcriptomics
MiRNA and lung cancer (INCA project) - 40 miRNAs microarrays

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

MiRNA与肺癌(INCA项目)- 40个miRNA微阵列

该数据集名为 MiRNA and lung cancer (INCA project) - 40 miRNAs microarrays,来源于 omicsdi.org,归类于肿瘤 / 肺癌方向,主题标签为 Transcriptomics。数据集收录了 40 个 miRNA 微阵列,核心用途是比较 20 对原发性肺癌组织与其对应的非癌肺组织中的 microRNA 表达模式。样本来自法国尼斯医院肿瘤生物样本库,采用染料交换实验设计,对癌组织与邻近正常肺组织进行对比。整体来看,该数据集聚焦于肺癌中 microRNA 表达差异的转录组学层面,为研究肺癌相关 miRNA 表达变化提供了微阵列数据基础。

【数据集背景】

肺癌是全球范围内发病率和死亡率较高的恶性肿瘤之一,其发生发展涉及复杂的分子机制。microRNA 作为一类重要的转录后调控分子,在肿瘤发生、进展和转移过程中可能发挥关键作用。该数据集以原发性肺癌及其对应非癌肺组织为研究对象,旨在通过 microRNA 表达谱的对比,揭示肺癌组织中 miRNA 表达模式的变化。数据集所属的 INCA 项目以及其肿瘤 / 肺癌分类,表明其面向肿瘤转录组学研究,尤其是肺癌分子标志物和表达调控方向的探索。

【数据内容】

该数据集包含 40 个 miRNA 微阵列,对应 20 对原发性肺癌组织与配对的非癌肺组织。每对样本均来自同一患者的癌组织及其邻近正常肺组织,因此构成配对比较设计。数据内容属于转录组学范畴,具体为 microRNA 表达模式数据。源站描述指出,该实验采用染料交换设计,比较癌组织与邻近正常肺组织之间的 miRNA 表达差异。关于具体检测的 miRNA 种类、阵列平台型号、荧光染料类型、扫描参数、数据预处理方法以及表达值矩阵等细节,源站未提供。

【采集与来源】

样本采集自法国尼斯医院肿瘤生物样本库。该生物样本库为数据集提供了 20 对原发性肺癌组织及其对应的非癌肺组织。样本来源明确,具有临床样本基础。数据集通过 omicsdi.org 发布和索引,属于公开可获取的组学数据资源。关于样本采集的具体时间范围、患者人群特征、纳入与排除标准、伦理审批信息以及样本保存条件等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肺癌相关 microRNA 表达差异研究,可用于探索癌组织与正常肺组织之间 miRNA 表达谱的变化。其配对设计有助于减少个体间差异带来的干扰,适合开展配对比较分析。潜在应用包括:筛选肺癌中差异表达的 miRNA、研究 miRNA 在肺癌发生中的潜在调控作用、为后续生物标志物研究提供候选分子,以及作为转录组学层面的验证或整合分析资源。此外,该数据集也可用于方法学比较,例如染料交换实验设计在微阵列分析中的应用评估。关于具体分析流程、统计方法或验证实验,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 miRNA 微阵列形式提供,包含 40 个阵列,对应 20 对癌与非癌肺组织样本。使用时可依据配对设计进行癌组织与正常组织的比较分析。由于采用染料交换实验,分析时需考虑染料偏倚的影响,通常需要在数据处理阶段对染料交换效应进行校正。用户可根据自身研究目的,对表达数据进行差异分析、聚类分析或通路层面的探索。关于数据下载格式、原始数据与处理后数据的获取方式、配套分析工具以及标准化流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于 20 对样本,样本量相对有限,可能影响统计功效和结果的普遍性。虽然配对设计和染料交换实验有助于控制部分技术偏差,但微阵列技术本身存在背景噪声、交叉杂交和动态范围有限等固有限制。此外,样本仅来自法国尼斯医院肿瘤生物样本库,人群代表性可能受限。关于数据质量评估指标、缺失值情况、重复性验证、批次效应以及独立验证结果,源站未提供。因此,在使用该数据集时,应结合具体研究问题谨慎解读结果,并注意其适用范围。

【引用与许可】

该数据集来源于 omicsdi.org,原始数据由相关研究项目产生。关于数据集的正式引用格式、文献出处、作者信息、发表期刊以及数据许可协议,源站未提供。用户在使用该数据集时,应遵循 omicsdi.org 及原始数据提供方的相关使用条款。如需引用或再分发,建议直接查阅源站以获取准确的引用信息和许可要求。

下载信息

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-18692

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

20对原发性肺癌及其相应非癌肺组织中的微小RNA表达模式。这些标本取自法国尼斯医院肿瘤生物样本库。染料交换实验比较癌组织与邻近正常肺组织。

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