SOX4新型转录靶点的鉴定

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-31612

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

SOX4基因属于一个转录因子家族，我们之前揭示了SOX4基因在部分肺癌中的扩增和过表达，表明它可能构成一个驱动致癌基因。在此，我们寻找SOX4的转录靶标，并研究它们在肺部发育和癌变过程中的作用。我们利用可诱导的短发夹系统，在携带SOX4扩增和过表达的NIH-H522肺癌细胞系中消除了SOX4的表达。基因表达的全局分析显示，SOX4被消除后，约有90个基因下调，其中许多与神经发育相关。我们还证明了SOX4招募到许多这些启动子上，证实了它们作为SOX4直接转录靶标的性质。这些转录本中的大多数在异位过表达SOX4的肺癌细胞和SOX4水平高的肺肿瘤中显著增加。相反，它们在Sox4-/-小鼠的胚胎成纤维细胞中表现出显著的低表达水平。我们生成了能够以可诱导方式下调SOX4的H522衍生细胞。

H522细胞被转染了四环素(tet)阻遏物表达构建体以及含有shSOX4的tet阻遏物控制表达载体(tet-on)。加入多西环素48小时后，选择了一个稳定克隆H522Tr-shSOX4-1，其能下调SOX4表达达90%，用于进一步分析。为了确定SOX4表达缺失所特有的基因表达谱，我们使用Agilent的全人类基因组微阵列，在多西环素诱导shSOX4后的0、24和96小时，比较了亲本H522细胞与H522Tr-shSOX4-1细胞的全局基因表达。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。