HSF1驱动区别于热激的转录程序支持高度恶性人类癌症 [ChIP-Seq]

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-38901

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

热休克因子1（HSF1）作为热休克反应的主调控因子，在模型系统中促进恶性转化、癌细胞存活与增殖。普遍假设认为，这些效应是通过调节热休克蛋白（HSP）表达介导的。然而，HSF1在恶性肿瘤中直接协调的转录网络及其与热休克反应的关系从未被明确。通过比较具有高和低恶性潜能的细胞及其非转化对应细胞，我们鉴定出一个特定于高度恶性细胞的HSF1调控转录程序，该程序与热休克不同。此程序中的癌症特异性基因支持致癌过程：细胞周期调控、信号传导、代谢、粘附和翻译。HSP基因是该程序不可或缺的一部分，然而，即便是这些基因在恶性肿瘤中的调控也是独特的。这一HSF1癌症程序在直接从人类患者分离的乳腺、结肠和肺部肿瘤中活跃，并与转移和死亡强烈相关。因此，HSF1在肿瘤发生中重编程转录组，具有预后和治疗意义。

ChIP-seq用于表征HSF1的结合情况

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。