高危型HPV阳性肺癌：肺转移模式的分子证据

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-40777

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：高危型人乳头瘤病毒（hrHPV）感染与宫颈癌、肛门生殖器癌及口咽癌相关。有研究提出hrHPV在肺癌中可能发挥作用，但既往关于hrHPV感染与肺癌关系的报道结果相互矛盾。本研究采用经验证的hrHPV检测算法（即GP5+6±PCR和p16INK4A免疫组化），在西方研究人群中评估不同组织学亚型肺部肿瘤标本中hrHPV的流行情况，标本为福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤标本。材料与方法：对228例肺癌患者的肿瘤组织标本进行GP5+6±PCR和p16INK4A免疫组化检测。对hrHPV阳性肿瘤进一步通过GP5+/6±PCR产物基因分型、HPV E7转录本分析、杂合性缺失（LOH）分析及微阵列比较基因组杂交（arrayCGH）进行表征，并回顾患者临床病史。结果：共鉴定出3例（3/228，1.3%）hrHPV阳性肺癌患者，分别为hrHPV 16、18和33型。

所有3例患者（1例男性，2例女性）均有hrHPV相关疾病史；其中2例为宫颈癌，1例为口咽癌。进一步特征分析显示，在每一配对中，肺部肿瘤与既往hrHPV相关癌症具有相同的hrHPV基因型、p16INK4A表达模式、HPV E7 mRNA表达以及基因组异常。结论：本研究发现分子证据支持，在西方人群中，肺癌中的hrHPV与源自其他部位的hrHPV阳性癌症的肺转移相关，而非与原发性肺癌相关。2份肺癌样本（FFPE），1份宫颈癌样本（FFPE），1份头颈癌样本（FFPE）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。