GSE68067：TLR4缺陷小鼠BHT处理后BALF巨噬细胞转录分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE68067

标准获取流程：

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数据说明

背景：人肺腺癌（ADC）是肺癌的主要亚型，由于该疾病缺乏可用的生物标志物且通常在晚期才被诊断，因此处于不利地位。我们此前已证明，与Tlr4充足的对照小鼠相比，Tlr4突变小鼠对BHT诱导的肺部炎症（支气管肺泡灌洗液中的巨噬细胞和淋巴细胞）和肿瘤发生更为易感。在小鼠全肺组织中也观察到差异转录谱。本研究旨在阐明Tlr4保护作用的机制，包括特定先天免疫细胞群体的差异、其功能反应，以及这些细胞差异对ACD祖细胞类型生长的影响。方法：在丁基化羟基甲苯（BHT）处理（肿瘤促进剂；每周腹腔注射4次）后，对BALB（Tlr4充足）和C.C3-Tlr4Lps-d/J（BALBLpsd；Tlr4突变）小鼠肺进行灌洗，处理用于流式细胞术，并冷冻用于分子分析（IGF1、KC的ELISA，Raybiotech小鼠细胞因子阵列）。收集BALF来源的巨噬细胞用于吞噬作用和胞葬作用测定。

BALF巨噬细胞RNA也被分离出来，用于Affymetrix基因芯片和实时定量PCR。对细支气管Clara细胞（一种ADC祖细胞）进行了富集并计数。股骨骨髓细胞被分化为巨噬细胞，并与C10细胞（一种II型细胞系）共培养进行伤口愈合实验。结果：与Tlr4充足小鼠相比，Tlr4缺陷导致全肺组织中对BHT响应的先天免疫细胞数量显著增加，包括巨噬细胞、PMNs、髓源性抑制细胞（MDSC）和树突状细胞（DCs）（p<05）。巨噬细胞功能也受到影响。与来自……的巨噬细胞相比，经BHT处理的Tlr4突变小鼠表现出增强的吞噬和胞葬能力以及伤口愈合能力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。