肺腺癌亚型与肺发育相关miRNA表达谱及临床病理特征关联的miRNA分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE51853

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

遗传和表观遗传改变的积累改变了一个相互关联基因网络的调控，其中包括miRNAs，这些改变赋予了癌症标志性能力和特征。本研究分析了126例非小细胞肺癌样本的miRNA和mRNA表达谱，特别关注肺腺癌的多样性。其中，76例腺癌根据其独特的miRNA表达谱被分为两个主要亚型：发育肺样和成人肺样，这些表达谱分别类似于发育中肺或成人肺。采用基于系统生物学的方法，利用贝叶斯网络和非参数回归估计患者肿瘤中发挥作用的基因调控回路，以识别在两个主要亚型间差异表达基因富集的子网络。在这些子网络中被确定为枢纽基因的miR-30d和miR-195，在发育肺样亚型中表达水平较低，而将miR-30d或miR-195引入肺癌细胞系后，引发了mRNA表达谱向成人肺样亚型的转变。

相反，在我们的患者数据集分析中，miR-30d和miR-195的影响在发育期肺样和成人肺样亚型之间显著不同。此外，以miR-30d为中心的子网络中的子基因RRM2被发现是miR-30d的直接靶标。综上所述，我们的发现揭示了存在两种由miRNA表达谱定义的肺腺癌亚型，它们具有独特的临床病理特征，并且还表明基于系统生物学的方法有助于深入了解癌症发展过程中涉及的调控回路改变。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。