NSCLC bulk transcriptoms 转录组数据

数据可用于研究肿瘤微环境重塑、原发肺腺癌与骨转移之间的空间和功能差异，以及癌症相关成纤维细胞异质性在免疫调节和溶骨性重塑中的作用（来源 NCBI）

geo

基因组分类GPL207959606

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-07

资源简介

NSCLC bulk transcriptoms 转录组数据

GSE349611 是一个聚焦非小细胞肺癌（NSCLC）的批量转录组数据集，源站标题为“NSCLC bulk transcriptoms”，归类于肿瘤 / 肺癌方向，来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）。该数据集围绕肿瘤微环境（TME）在肿瘤进展和转移过程中的深刻重塑展开，重点关注原发肺腺癌（LUAD）与其骨转移（BoM）之间尚未被充分理解的空间和功能差异，尤其是癌症相关成纤维细胞（CAF）异质性在免疫调节和溶骨性重塑中的作用。数据集包含 1 个文件，样例文件为 GSE349611_series_matrix.txt.gz，作者为 Fangfang，Li，发布时间为 Oct 05 202，主题标签涉及高通量测序表达谱分析、GPL20795 平台以及物种编号 9606。整体而言，该数据集为研究肺癌原发灶与骨转移灶的转录组特征差异提供了可用的批量表达谱资源。

【数据集背景】

该数据集所对应的研究背景是肿瘤微环境在肿瘤进展和转移过程中发生深刻重塑。尽管这一过程已被认识到具有重要生物学意义，但原发肺腺癌（LUAD）与其骨转移（BoM）之间的空间和功能差异仍未被完全理解。特别是癌症相关成纤维细胞（CAF）异质性对免疫调节和溶骨性重塑的贡献尚不清晰。数据集以 NSCLC 批量转录组为切入点，旨在为上述问题提供表达谱层面的数据支持。其主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”，表明数据通过高通量测序方式获得，平台标注为 GPL20795，物种编号为 9606，对应人类。

【数据内容】

数据集英文名为 GSE349611: NSCLC bulk transcriptoms，源站标题为 NSCLC bulk transcriptoms。文件数量为 1，文件样例为 GSE349611_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式，属于批量转录组表达谱数据。主题标签涵盖高通量测序表达谱分析、GPL20795 平台以及 9606 物种编号。除上述信息外，源站未提供更详细的样本数量、分组信息、基因注释版本或表达矩阵的具体字段说明。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，作者为 Fangfang，Li，发布时间为 Oct 05 202。本站分类为肿瘤 / 肺癌。数据通过高通量测序方式获取，平台为 GPL20795，物种为人类（9606）。关于具体样本采集地点、采集时间、临床信息、伦理审批信息等，源站未提供。

【适用场景】

根据侧写线索，该数据可用于研究肿瘤微环境重塑、原发肺腺癌与骨转移之间的空间和功能差异，以及癌症相关成纤维细胞异质性在免疫调节和溶骨性重塑中的作用。因此，其适用方向包括肺癌转移机制研究、肿瘤微环境相关分析、CAF 异质性探索以及免疫调节与骨破坏相关通路的研究。此外，作为批量转录组数据，也可用于表达谱层面的差异分析、通路富集分析等常规转录组研究场景。具体分析设计需结合样本分组信息，而该信息源站未提供。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE349611_series_matrix.txt.gz。由于该文件为 GZIP 压缩包，应按文件格式进行读取和解压。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入后续分析流程。在确认数据结构、样本标识和表达值编码方式后，可将其用于差异表达、功能富集或微环境相关分析。关于是否需要额外注释文件、平台注释包或标准化处理步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个文件，文件样例为 GSE349611_series_matrix.txt.gz，属于批量转录组数据。由于源站未提供样本数量、重复设置、测序深度、质控指标、批次信息及临床元数据，无法对数据质量进行具体评估。此外，该数据为 bulk 转录组，无法直接解析单细胞水平或空间层面的细胞异质性，尽管其研究背景涉及空间和功能差异。使用时应关注平台 GPL20795 的注释情况以及数据标准化程度。其他质量相关信息源站未提供。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE349611

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE349611

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤微环境（TME）在肿瘤进展和转移过程中经历深刻重塑，然而原发性肺腺癌（LUAD）与其骨转移（BoM）之间的空间和功能差异仍未完全阐明。特别是，癌相关成纤维细胞（CAF）异质性对免疫调节和溶骨性重塑的贡献尚不清楚。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别