HNSCC 多组织基因表达数据集
研究针对喉和下咽鳞状细胞癌（LHSCC）逐步发展过程，使用 Xenium 平台（10x Genomics）对 11 例患者的正常黏膜、低级别异型增生、高级别异型增生/原位癌及浸润性癌的 FFPE 组织进行空间转录组分析，识别出 40 多个差异表达基因，涉及转运、免疫调节、上皮完整性、信号传导和代谢等
基本信息
资源简介
HNSCC 多组织基因表达数据集
Multi-tissue gene expression in HNSCC
该数据集来自 NCBI GEO，标题为 Multi-tissue gene expression in HNSCC，包含 1 个文件 GSE343350_series_matrix.txt.gz。研究针对喉和下咽鳞状细胞癌（LHSCC）逐步发展过程，使用 Xenium 平台（10x Genomics）对 11 例患者的正常黏膜、低级别异型增生、高级别异型增生/原位癌及浸润性癌的 FFPE 组织进行空间转录组分析，识别出 40 多个差异表达基因，涉及转运、免疫调节、上皮完整性、信号传导和代谢等过程，并将病变分为两种分子模式。数据可用于研究 HNSCC 与肺癌相关基因的分子重叠及病变分类（来源 NCBI）。
【数据集背景】
源站首次发布：Aug 11 202。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：喉和下咽鳞状细胞癌（LHSCC）发生发展的分子机制仍知之甚少。既往研究提示头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）与肺鳞状细胞癌之间存在分子重叠。本研究探讨了肺癌相关基因是否在 LHSCC 逐步发展过程中的差异表达基因中富集。使用 Xenium 平台（10x Genomics）对来自十一名患者的正常黏膜、低级别异型增生（LG-Dys）、高级别异型增生/原位癌（HG-Dys/CIS）和浸润性癌的福尔马林固定石蜡包埋组织进行了空间转录组分析。共鉴定出 40 多个差异表达基因，归入关键生物学过程，包括转运、免疫调节、上皮完整性、信号传导和代谢。基因表达模式将病变分为两种分子
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签：Other、GPL33762、9606。本站分类：肿瘤/肺癌。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE343350
【使用注意】
· 源站最后修改于 Aug 17 202，引用时请注意版本时效。
下载信息
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pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
喉及下咽鳞状细胞癌（LHSCC）发生发展的分子机制目前仍知之甚少。既往研究提示头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）与肺鳞状细胞癌之间存在分子层面的重叠。本研究探讨了肺癌相关基因是否在LHSCC逐步发展过程中的差异表达基因中富集。采用Xenium平台（10x Genomics）对来自11例患者的正常黏膜、低级别异型增生（LG-Dys）、高级别异型增生/原位癌（HG-Dys/CIS）及浸润性癌的福尔马林固定石蜡包埋组织进行了空间转录组学分析。研究鉴定出40余个差异表达基因，将其归入关键生物学过程，包括转运、免疫调节、上皮完整性、信号传导和代谢。基因表达模式将病变分为两个分子组，其中LG-Dys类似于正常黏膜，而HG-Dys与CIS一致。六个基因（CCDC39、DNAAF1、GDF15、GKN2、RGS16和TSPAN19）在HG-Dys/CIS与浸润性癌之间持续发生改变，提示它们可作为恶性转化的潜在生物标志物。
此外，EPCAM和SERPINB3在LHSCC发展过程中表现出表达变化，这与其他上皮性恶性肿瘤的先前研究结果一致。这些发现进一步支持了肺癌与LHSCC发展涉及相似的遗传途径。此外，我们的结果揭示了LHSCC发展的新型分子事件，并确定了早期侵袭性的候选生物标志物。
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