JTE-607 处理患者来源类器官的 scRNA-seq 分析
研究对两种肺癌类器官和一种肝癌类器官分别以 DMSO 或 JTE-607 处理，随后混合并使用 10x Genomics Chromium 平台进行 3′ 标签单细胞 RNA 测序
基本信息
资源简介
JTE-607 处理患者来源类器官的 scRNA-seq 分析
scRNA-seq analysis of patient-derived organoids treated with JTE-607
该数据集为 GSE343226，来源于 ncbi.nlm.nih.gov，包含 1 个文件 GSE343226_series_matrix.txt.gz。研究对两种肺癌类器官和一种肝癌类器官分别以 DMSO 或 JTE-607 处理，随后混合并使用 10x Genomics Chromium 平台进行 3′ 标签单细胞 RNA 测序。分析中先根据表达和 SNP 特征对细胞去多重化并归属到原始类器官，再在 polyadenylation site（PAS）分辨率上定量转录本丰度，生成 PAS-by-cell 计数矩阵，可用于系统研究 JTE-607 处理对 PAS 使用模式和细胞状态的影响（来源 NCBI）。
【数据集背景】
源站首次发布：Aug 10 202。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：为了评估 CPA 抑制对转录组异质性的影响，我们用 DMSO 或 JTE-607 处理了两种肺癌类器官和一种肝癌类器官，随后将它们混合，使用 10x Genomics Chromium 平台进行基于 3′ 标签的单细胞 RNA 测序。在生物信息学分析中，先根据表达和 SNP 谱对测序细胞进行去多重化，并将其分配到各自的来源类器官。然后我们在 polyadenylation site（PAS）分辨率上定量转录本丰度，生成 PAS-by-cell 计数矩阵，从而能够系统研究 JTE-607 处理对 PAS 使用模式和细胞状态的影响。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签：GPL11154、9606。本站分类：肿瘤/肺癌。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE343226
【使用注意】
· 源站最后修改于 Aug 11 202，引用时请注意版本时效。
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- OpenDataLab:
数据说明
为评估CPA抑制对转录组异质性的影响，我们用DMSO或JTE-607处理了两种肺癌类器官和一种肝癌类器官，随后将它们混合，利用10x Genomics Chromium平台进行基于3′标签的单细胞RNA测序。在生物信息学分析中，首先根据表达谱和SNP特征对测序细胞进行去多重化，并归属到各自的原始类器官。接着，我们在多聚腺苷酸化位点(PAS)分辨率上量化转录本丰度，生成PAS-by-cell计数矩阵，从而系统性地探究JTE-607处理对PAS使用模式及细胞状态的影响。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
