GSE328481：利用Stereo-XCR-seq揭示肺腺癌中肿瘤反应性淋巴细胞启动的异位GC样生态位

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE328481

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本实验旨在通过对新鲜冷冻肿瘤组织进行Stereo-XCR-seq，剖析肺癌的空间免疫微环境。首先，我们进行严格的样本质量控制，执行连续组织切片，利用H&E染色进行形态学验证，并在Stereo-seq芯片上原位捕获mRNA。随后，我们采用自主研发的sscirPCR策略，从构建的Stereo-seq文库中富集TCR和BCR转录本，该策略通过嵌套PCR介导的连接元件添加、夹板寡核苷酸诱导的环化以及两轮特异性PCR扩增，实现肿瘤组织内淋巴细胞克隆动态的空间映射，以揭示免疫逃逸机制并为免疫治疗策略提供指导。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。