DNA损伤应答的化学-遗传相互作用图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE320153

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DNA损伤反应（DDR）是一个复杂的细胞通路网络，其扰动会导致基因组不稳定，是肿瘤发生的关键标志。在此，我们展示了来自32个基因组规模功能缺失CRISPRi化学遗传学筛选的数据，这些筛选使用了针对DDR机制核心组分（PARP、ATR、ATM、DNAPK和WEE1）的抑制剂，既作为单一药剂，也与PARP抑制剂联合使用。这些实验识别了超过1000个基因，其扰动可改变DDR，并为DDR研究社区提供了丰富的资源。此外，这一功能基因组学数据汇编揭示了支配DDR的关键原则，并强调了过氧化物还原酶PRDX1活性缺失与所有测试的DDR抑制剂之间存在强烈的化学遗传学相互作用，其机制涉及由MRGBP-PAX7-IREB2轴介导的铁可用性。我们的数据将PRDX1定位为DNA损伤积累的关键抑制因子，以及与DDR抑制剂联合使用的潜在可成药靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。