CRISPRi敲低IREB2、MRGBP和PAX7对A549 dCas9-KRAB细胞基因表达的影响

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE320129

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DNA损伤反应（DDR）是一个复杂的细胞通路网络，其扰动会导致基因组不稳定，是肿瘤发生的关键标志。通过使用多种DDR抑制剂（DDRi）进行正交CRISPRi筛选，我们发现过氧化物还原酶PRDX1活性缺失与所有测试的抑制剂之间存在强烈的化学-遗传相互作用，其机制涉及由MRGBP-PAX7-IREB2轴介导的铁可用性。IREB2的缺失被认为通过抑制转铁蛋白受体的翻译从而减少铁摄取，以及通过促进铁蛋白翻译以增加铁储存能力，来降低细胞中的游离铁水平。由于PAX7和MRGBP都与基因表达相关，我们在表达靶向IREB2、PAX7和MRGBP的sgRNA的A549 dCas9-KRAB细胞中进行了bulk RNA-seq。引人注目的是，在所有三种情况下，IREB2都是下调最显著的基因之一。此外，敲低PAX7导致MRGBP下调，敲低MRGBP导致PAX7下调。

这些数据共同表明，PAX7与MRGBP协同调节IREB2的表达，并证实MRGBP-PAX7-IREB2轴通过汇聚作用于IREB2的表达，进而调控细胞铁水平，成为DDRi耐药性的驱动因素。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。