YTHDF1作为非经典核检查点偶联R-loop稳态与先天免疫限制及适应性免疫抵抗（RNA-seq i）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE319690

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

癌细胞内的先天免疫信号在塑造抗肿瘤免疫中发挥重要作用，然而限制不适当免疫激活的核内机制仍未完全明确。YTHDF1是一种mRNA结合蛋白，此前被鉴定为细胞质m⁶A阅读蛋白。新出现的证据表明，YTHDF1也在细胞核中发挥作用，与染色质结合并参与R环稳态的调控。YTHDF1缺失会导致R环积累、基因组不稳定性、胞质DNA释放以及cGAS–STING–I型干扰素通路的激活。在机制上，YTHDF1在免疫相关基因组区域与染色质重塑因子ARID1A相互作用，提示二者在维持基因组稳定性和调控免疫相关转录程序中具有协同作用。为研究YTHDF1和ARID1A扰动对转录组和染色质水平的影响，我们在A549人肺癌细胞中生成了RNA测序（RNA-seq）和R环CUT&Tag数据集。

RNA-seq在两种实验设置下进行：(1) 野生型(WT)和YTHDF1敲除(YTHDF1-KO)细胞；(2) WT、YTHDF1-KO、ARID1A敲低(siARID1A)以及YTHDF1-KO联合ARID1A敲低的细胞。同时，在相同的各条件下进行了R-loop CUT&Tag分析，以评估全基因组R-loop分布。这些数据集为研究YTHDF1和ARID1A在调控R-loop动态及肿瘤内在先天免疫信号传导中的作用提供了整合的转录组和染色质分析资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。