肺腺癌癌前病变原型分析：癌前病变异质性与浸润性病变特征关联

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE319666

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数据说明

肺腺癌（LUAD）是肺癌最常见的类型，是一种异质性疾病，其组织病理学特征和临床结局高度可变。LUAD癌前病变（PMLs）是沿肺泡壁增殖的非典型肺泡上皮细胞的局限性增殖性病变。在本研究中，我们表征了PMLs的分子异质性，而不论其组织学命名如何，并利用来自LUAD切除病例的激光捕获显微切割PMLs、正常组织和肿瘤组织的批量RNA和外显子组测序数据，鉴定出四个独特的PML组或“原型”。这些原型是基于在我们所分析的LUAD PMLs和三个公开可用数据集中发现的反复出现的基因共表达模块的表达来定义的。一种PML原型，称为“增殖型”，与参与细胞增殖的基因表达增加、促肿瘤免疫环境以及EGFR驱动突变的富集相关。另一种原型，称为“正常样型”，与类似正常组织的特征、抗肿瘤免疫反应相关，并且与其他原型相比缺乏驱动突变的富集。

我们将PML原型投射到独立的肺腺癌(LUAD)基因表达数据集中，发现与增殖原型最为接近的肿瘤富集了多种侵袭性LUAD特征，包括高肿瘤分级和淋巴结侵犯，并且无病生存期显著较短。增殖原型PML可能代表了一组具有更强侵袭性特征的病变，这有助于改善患者分层，并为肺癌拦截提供新的靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。