非小细胞肺癌中mtdsRNA水平特征分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE319333

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

线粒体双链RNA（mtdsRNA）在线粒体RNA降解受损时被输出至细胞质，作为线粒体应激的一种新型损伤相关分子模式（DAMP）。mtdsRNA已在某些癌症中被检测到，但其普遍性和功能作用在很大程度上仍未被探索。此外，mtdsRNA在大型计算数据集中不易被检测到。在此，我们对NSCLC细胞系进行了全面的计算表征，并在一个细胞系亚群中鉴定出轻链转录升高，提示可能存在mtdsRNA形成。我们的工作使我们能够将NSCLC细胞系分为mtdsRNA丰度高和低的两组。尽管在某些细胞系中细胞质mtdsRNA水平较高，但我们未观察到I型干扰素（IFN-I）反应或ADAR编辑的一致激活。RT-qPCR分析显示，仅USP18转录本在部分NSCLC细胞系中受到显著调控，表明IFN-I反应部分激活或被抑制。链特异性RT-qPCR也未发现线粒体基因表达存在偏倚，无法解释这一现象。

这些结果表明，基础水平的mtdsRNA积累并不能强烈激活IFN-I信号传导，并可能在NSCLC中受到耐受。检测mtdsRNA的单克隆J2抗体始终作为一种可靠的细胞内dsRNA负荷标志物出现，并可作为线粒体RNA失调的功能性读数。这种方法可能有助于根据肿瘤的免疫原性潜力对其进行分层，而不依赖于基因组突变。重要的是，我们报告mtdsRNA在部分NSCLC细胞系中上调，代表了癌症中线粒体功能障碍的一个潜在新标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。