淋巴结-肿瘤时空图谱揭示耗竭T细胞克隆演化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE318850

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

当前的手术指南忽视了在非小细胞肺癌中保留未受累淋巴结（uiLNs），这主要是由于对其在抗肿瘤免疫中的关键作用认识不足。在此，我们发现转移性淋巴结中存在显著的免疫抑制微环境。相比之下，免疫治疗后，CD200+祖细胞耗竭T细胞（Tpex）在uiLNs内显著扩增。uiLNs与肿瘤之间耗竭T细胞的有效克隆共享与完全病理缓解强烈相关。此前未被认识的肿瘤驻留C1QA+树突状细胞分泌CXCL9，促进T细胞募集，而无应答者中富含成纤维细胞的区域则形成免疫抑制屏障，阻碍CXCL9扩散和CD200+ Tpex迁移。最后，我们证实来自uiLNs的肿瘤反应性Tex克隆可在全身持续存在，并鉴定出两种新抗原肽作为这些肿瘤反应性Tex细胞的直接靶标。

我们的研究首次阐明了免疫治疗响应性T细胞亚群在淋巴结-肿瘤轴中的时空动态，并为支持选择性淋巴结清扫策略以保留未受累淋巴结提供了有力证据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。