HIV感染者吸烟对支气管基因表达影响的改变

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE318533

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：尽管自抗逆转录病毒治疗引入以来，获得性免疫缺陷综合征相关死亡率有所下降，但HIV感染者（PLWH）中肺癌的发病率仍然很高。了解烟草烟雾对PLWH气道基因表达的影响，可能有助于揭示与HIV相关的肺癌风险升高机制。方法：收集了12名吸烟的PLWH和19名从未吸烟的PLWH的气道上皮刷检样本，并采用RNA-seq进行 profiling。使用线性模型识别吸烟者与从未吸烟者之间以及既往吸烟者与从未吸烟者之间差异表达的基因。采用基因集富集分析在不同数据集中验证与吸烟相关的基因特征。数据与一组无HIV患者队列的基因表达数据整合，以识别同时受吸烟和HIV状态差异调控的基因。

结果：我们发现，既往与吸烟相关的基因特征在PLWH中与吸烟的关联相似，包括与从未吸烟者相比，既往吸烟者中一部分“不可逆改变”基因的持续差异表达。我们还识别并验证了两个专门在无HIV感染者吸烟者中受到调控的基因特征。结论：吸烟对支气管基因表达的许多影响在PLWH和非HIV个体中是共有的。在PLWH与非HIV个体之间存在差异的那部分基因中，吸烟对基因表达的影响似乎在PLWH中更为减弱。这包括与氧化应激和上皮完整性相关的基因，并提示了可能促成PLWH中更为常见的吸烟相关结局（如肺癌）的潜在机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。