GSE317997：基于标志物的筛选鉴定ASCL1和POU2F1为小细胞肺癌DLL3表达的转录共调控因子 [RNA测序]
我们进行了 CRISPR 筛选，鉴定出 POU2F1 是 SCLC 中 DLL3 表达的新型转录调控因子。我们使用遗传学和表观基因组学方法验证了 POU2F1 和 ASCL1 可激活 DLL3 表达以及神经内分泌谱系转录程序
![GSE317997: Marker-based screens identify ASCL1 and POU2F1 as transcriptional coregulators of DLL3 expression in small cell lung cancer [RNA-Seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/67749.jpg)
基本信息
资源简介
GSE317997：基于标志物的筛选鉴定ASCL1和POU2F1为小细胞肺癌DLL3表达的转录共调控因子 [RNA测序]
GSE317997 是一个来源于 NCBI GEO 的 RNA-Seq 数据集，属于肿瘤 / 肺癌分类，聚焦于小细胞肺癌（SCLC）中 DLL3 表达的转录调控机制。该数据集的核心研究目标是通过基于标记的筛选策略，鉴定调控 DLL3 表达的转录共调控因子。研究通过 CRISPR 筛选发现 POU2F1 是 SCLC 中 DLL3 表达的新型转录调控因子，并进一步利用遗传学和表观基因组学方法验证了 POU2F1 与 ASCL1 共同激活 DLL3 表达以及神经内分泌谱系转录程序。该数据集为理解 SCLC 中 DLL3 的转录调控网络提供了 RNA-Seq 层面的实验证据，适用于肺癌分子机制、神经内分泌谱系调控及 DLL3 相关研究领域。
【数据集背景】
小细胞肺癌（SCLC）是一种具有高度侵袭性的神经内分泌肿瘤，DLL3 是其重要的表面标志物之一，在 SCLC 中常呈高表达，并与神经内分泌谱系程序密切相关。尽管 DLL3 在 SCLC 中的表达具有临床相关性，但其上游转录调控机制尚未完全阐明。该数据集所对应的研究旨在通过 CRISPR 筛选策略，系统鉴定调控 DLL3 表达的转录因子，最终发现 POU2F1 是 DLL3 表达的新型转录调控因子。研究进一步结合遗传学和表观基因组学方法，验证了 POU2F1 和 ASCL1 对 DLL3 表达及神经内分泌谱系转录程序的激活作用。该数据集即为该研究中的 RNA-Seq 部分，用于在转录组水平上支持上述发现。
【数据内容】
该数据集为 RNA-Seq 数据，属于肿瘤 / 肺癌分类，来源于 NCBI GEO 数据库。数据集标题明确其研究内容为基于标记的筛选，鉴定 ASCL1 和 POU2F1 作为小细胞肺癌中 DLL3 表达的转录共调控因子。数据内容围绕 CRISPR 筛选后对 POU2F1 作为 DLL3 表达调控因子的鉴定，以及 POU2F1 和 ASCL1 对 DLL3 表达和神经内分泌谱系转录程序激活作用的验证。具体样本数量、测序平台、读长、基因表达矩阵或差异表达分析结果等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI GEO 数据库，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。根据源站描述，研究采用了 CRISPR 筛选、遗传学方法和表观基因组学方法，以鉴定和验证 POU2F1 及 ASCL1 在 SCLC 中对 DLL3 表达和神经内分泌谱系转录程序的调控作用。RNA-Seq 作为其中的转录组学手段，用于支持上述调控关系的验证。关于样本采集的具体组织类型、细胞系、处理条件、生物学重复数量及建库方法等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于小细胞肺癌中 DLL3 表达调控机制的研究，尤其是涉及 POU2F1 和 ASCL1 作为转录共调控因子的功能验证。可用于分析神经内分泌谱系转录程序在 SCLC 中的调控网络，也可作为 CRISPR 筛选后转录组验证的参考数据。此外，该数据集可支持 DLL3 相关标志物研究、SCLC 分子分型及潜在治疗靶点探索等方向的二次分析。具体适用场景需结合源站提供的完整实验设计进行判断。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI GEO 数据库访问，检索编号为 GSE317997。用户可根据源站提供的 RNA-Seq 数据文件进行下载和分析。典型使用方法包括：对原始测序数据进行质量控制、比对和定量，获得基因表达矩阵；进而开展差异表达分析、通路富集分析或转录因子调控网络分析，以验证 POU2F1 和 ASCL1 对 DLL3 及神经内分泌谱系相关基因的表达影响。具体分析流程和参数设置需依据源站提供的元数据及原始数据格式确定，源站未提供统一的分析指南。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI GEO，属于公共数据库中的 RNA-Seq 数据。其质量取决于原始实验设计、测序深度、生物学重复及数据处理流程，但源站未提供具体的质控指标、测序深度、重复数量或批次信息。限制方面，该数据集仅针对 SCLC 中 DLL3 表达调控的特定研究问题，结论外推至其他肿瘤类型或非神经内分泌肿瘤时需谨慎。此外，RNA-Seq 数据本身反映的是转录本丰度，不能直接等同于蛋白水平或功能活性，需结合其他实验方法进行综合判断。源站未提供关于数据质量评分或已知技术偏差的详细说明。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI GEO，编号为 GSE317997。使用时应遵循 NCBI GEO 数据库的引用规范和数据使用政策。关于该数据集的具体引用文献、作者信息、发表期刊及许可条款，源站未提供。用户在使用前应查阅 NCBI GEO 页面获取最新的引用要求和许可信息。
下载信息
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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE317997
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据说明
我们进行了CRISPR筛选，鉴定出POU2F1是SCLC中DLL3表达的一种新型转录调控因子。我们采用遗传学和表观基因组学方法验证了POU2F1和ASCL1可激活DLL3表达以及神经内分泌谱系转录程序。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
