侵袭性非小细胞肺癌非转移淋巴结多模态单细胞与空间图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE316782

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

胸腔内的区域淋巴结（LNs）是重要的免疫枢纽，协调针对非小细胞肺癌（NSCLC）发生与进展的体液免疫和细胞免疫应答。为探究侵袭性NSCLC患者非转移性区域淋巴结中的免疫失调，我们对来自11例接受根治性意向切除患者的36个淋巴结进行了多模态分析，包括CITE-seq、scRNA-seq和成像质谱流式细胞术（IMC）。与N2淋巴结及侵袭性较低疾病（IA期）患者的淋巴结相比，侵袭性较高疾病（IB–IIIA期）患者的区域N1淋巴结表现出功能失调的CD8⁺ T细胞和调节性T细胞（Tregs）的显著富集。这些免疫亚群在空间上与成熟调节性树突状细胞（mregDCs；CD1c⁺、TIM3⁺、LAMP3⁺）共定位，形成一个免疫抑制微环境，且该微环境独特地富集于较高分期患者的N1淋巴结中。同时，较高分期的N1淋巴结含有更多“去皮质化”B细胞滤泡，其特征是生发中心周围套区层的包膜减少。

这种套区结构紊乱与涉及Tregs、CD68⁺ CD163⁺ TIM3⁺巨噬细胞、CD163⁺ TIM3dim单核-髓源性抑制细胞（M-MDSC）、浆B细胞的空间微环境增加有关，而与涉及CD4⁺ T辅助细胞和成纤维细胞网状细胞（FRCs）的空间微环境减少相关。总之，我们的发现揭示了侵袭性NSCLC患者区域淋巴结中体液免疫和细胞介导免疫的平行改变。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。