造血干细胞移植后闭塞性细支气管炎巨噬细胞向肌成纤维细胞转分化的空间转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE316672

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

闭塞性细支气管炎（BO）是造血干细胞移植（HSCT）后慢性移植物抗宿主病（GVHD）的一种严重纤维化表现。巨噬细胞来源的TGF-β与GVHD相关纤维化有关；然而，其在BO中的作用仍不明确。鉴于巨噬细胞向肌成纤维细胞转化（MMT）在纤维化中的新证据，本研究旨在探讨MMT是否参与BO的发生发展。我们分析了三名接受肺移植的BO型HSCT受者的肺样本，并以两名肺癌患者的组织作为对照。采用空间转录组学技术，对泡沫巨噬细胞在不同解剖区域和组织学阶段的基因表达进行了分析，并与对照的细支气管周围区域进行了比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。